由海上警备队担负军事防务之后，海上保安厅继续以警察/国土安全性质的海岸警卫队（Coast Guard）的方向发展茁壮。韩战与之后一段时间内，由于经济问题，每年都有大量韩国、朝鲜人偷渡到日本，而尚未恢复元气的日本国内，也有不少人从海路偷渡到欧洲或美国，加上日本与朝鲜半岛的走私贸易兴盛，为日本沿海治安造成沉重压力；因此日本海上自卫队成立之后，海上保安厅就全力维持海上航运与治安方面；随着时代的发展，海上保安厅又陆续增加护渔、救灾、防止污染等业务内容。

1977年7月1日，日本新制订的领海法生效，依照当时联合国海洋法会议研议的规范，实施200海里专属经济海域与12海里领海等规定；在担负200海里经济海域的巡护管理工作后，海上保安厅的巡逻范围遂急遽扩大50倍（达405万平方公里），为此海上保安厅在这个阶段于短期内增建大批新巡视船，成为海上保安厅成立以来第二个大规模扩充时期。由于海上保安厅的英文名称JMSA与各国惯例（国名加上Coast Guard）不同，各国船员常反应此名称无法分辨这是海上警察单位还是一般的海事机关；为此，海上保安厅在2000年参照国际标准，将英文名称改为（ Japan Coast Guard，日本海岸警卫队）。

截至今日，海上保安厅拥有一支质量极其可观的水面舰艇与航空巡逻机兵力，在全球海岸警卫队中仅次于美国海岸警卫队，超过邻近东亚国家海岸警卫队兵力的总和，整体实力甚至高出许多小国海军，是日本不折不扣的“第二海军”。与各先进国家的海岸警卫队相同，日本海上保安厅属于一支海上准军事力量，相关情报、指挥、通信与控制系统均与日本海上自卫队相通，两者是日本贯彻海上国防政策与维护海洋利益安全的两大支柱，相辅相成。由于海上保安厅隶属于日本国土交通省，属于警察性质，因而可以避免许多国际法律问题。

在处理领土海洋争端等牵涉国家主权或抵触非战宪法的敏感事务上，日本不方便派遣军事性质的海上自卫队直接介入， 海上保安厅遂成为日本政府十分倚重的力量，在控制海上情势并伸张国家影响力之余，又可以将事态性质控制在民事范围内， 避免与他国升高为军事层级的冲突。在许多牵涉国际敏感性或潜在冲突层次较高的事件时，海上保安厅通常担任第一线的拦截搜捕与对峙，海上自卫队则在后方附近海域保持监控，做为海上保安厅的后盾，必要时便展开支援行动，或者加入战斗。

中央组织方面，日本海上保安厅总部设在东京，包括保安厅长官、次长和警备救难监事，其下设立首席监察官、 行政部、装备技术部、警备救难部、海洋情报部、交通部等5个职能部，其中行政部主要负责公共关系、国际交流、人事管理、预算财务等工作；装备技术部主要负责船艇建造、飞机采购以及其他装备购置等工作； 警备救助部主要负责海上公共秩序、海上救难与污染防制等工作；海洋情报部主要负责海图测绘、航道测量、海洋观测、提供海图出版物和确保航行安全所需的信息管理等工作；海上交通部主要负责航行安全措施的实施、航标的设立、维护和运作等工作。此外，保安厅总部还直辖一所海上保安大学以及三所海上保安学校，专门负责海上保安人才的培育。

在地方机构方面，日本海上保安厅以日本本土为中心，将周边管辖海域分为11个海上管区，每个管区都设有海上保安本部。至2004年为止，这11个管区的海上保安本部共下辖66个海上保安监部、1个海上警备救难部、58个海上保安署、 6个情报通信管理中心、7个海上交通中心、1个航空警备管理中心、14个航空基地、1个国际组织犯罪对策基地、 1个特殊警备基地、1个特殊救灾基地、1个机动防灾基地、5个通信站、4个航道观测站、1个导航中心与18个航标管理部门等。

隶属第三管区的横滨海上保安部，是整个海上保安厅里规模最大的一个海上保安部，拥有充裕的机舰机动兵力，有效地遂行海上治安维护、海上交通保障、海难救助、海上'防灾、确保海洋环境安全以及统合国内外相关安全与救灾机制等，并且是东京湾内维持海上秩序、安全与救灾的最大型单位。第三管区本部所在的横滨防灾基地，是海上保安厅位于关东地区的最主要的防灾据点星；横滨基地本身有良好的耐震设计，其设施包含紧急应变勤务指挥中心、武道场、室内射击训练用靶场、各式训练用水槽、操船模拟器、耐震码头等。一旦关东地区发生重大海上或地上灾变，横滨基地便作为应变指挥中心。横滨防灾基地内有横滨海上保安部、横滨机动防除基地、航空整备管理中心等三个单位的办公室，其中机动防除基地负责处理全国性的大规模海洋漏油事件。

为了因应海难救助、海上治安维护（包含船只搜索临检等）与海上反恐的任务，海上保安厅还下辖一支名为特别警备队（Special Security Team，SST）的武装特勤部队；SST的前身是1985年创设的关西空港海上警备队，以及1992年核燃料输送任务中随行输送船的“输送船警乘队”。在1995年，海上保安厅开始创立本身所属的特勤部队，结合关西空港海上警备队与输送船警乘队，成为SST特殊警备队，于1996年正式成立，平时部署于第五管区海上保安本部的大阪特殊警备基地。SST队员具备突击与攻坚能力，能以各型潜水载具从水面下进入目标船只进行突击，而部分单位还具有核生化防护与爆裂物处理的专业能力。

现海上保安厅的功能职责包括海上警备业务、海难救助业务、海洋情报业务与海洋交通业务等四大类

海上警备堪称保安厅的最重要业务，由警备救难部负责，主要包括海上巡视、领海港湾警备、维护海上治安、打击海上刑事犯罪、防止走私和偷渡、打击海盗、防止不明船只侵入、取缔国内外船只的非法渔业作业、海上交通事故调查、情报搜集、 海上重要设施和重要物资的运送警备等等；此外，也与周边国家积极进行交流与合作，共同维护海上秩序。

自从联合国海洋公约通过200海里专属经济海域后，日本与邻近的韩国、中国大陆、中国台湾地区发生许多经济海域重叠，造成渔业纠纷层出不穷； 此外，日本与俄罗斯、韩国、中国大陆与中国台湾地区之间还有南千岛群岛（北方四岛）、独岛（竹岛）、钓鱼岛与东海油田等领土资源纷争， 经济海域与领土争议加上许多历史情感因素，导致日本与中国、韩国间的相关摩冲突变得异常敏感。为此，维护海域利益、驱逐取缔进入日本经济海域的外国船只（包含渔船、探测船乃至情报船），遂成为海上保安厅的重点工作。

海难救助业务由警备救难部负责负责，包括海难救助、海洋环境保护与海上防灾等三个部分。

海难救助部分，在日本沿海和海上搜救区域内发生船舶火灾、翻覆、沉船等海难事故时，于最短时间内进行人命救助和现场救援善后工作，以保护管辖海域内的生命财产安全。平时建立完善的海上紧急救难体制和预案，设置快速反应的专业海上救助队，持续实施24小时不间断的值班待命体系，并由巡视船艇和飞机实施海空巡航监视。为迅速有效地遂行海难救助，海上保安厅建立包括整合了卫星通讯、海岸无线电台、船舶与飞机无线电在内的整体式海上搜救通信预警体系，其海岸电台使用国际标准遇险频率进行24小时不间断守听，收到遇难信息时立刻采取相应措施。

海洋环境保护业务系对发生在日本周围海域的海洋污染事件进行监控和处理，以保护海洋生态环境。为此，海上保安厅对燃油污染发生机率较高的海域进行重点监控，防止海上船舶、陆上工厂或海岸工程等排放废油、含油污水等污染物，或者是船舶意外事故造成的漏油；相关单位配备污油回收装置与清除设备，随时待命行动，以防重大漏油事故的发生。

海上防灾部分，在发生海洋相关的重大自然灾害（如海底火山爆发、地震与海啸等）时，派出巡视船艇、飞机前往现场展开紧急救援行动，例如救助灾民、搬运离岛伤患、运输相关人员和救援物资。1990年，日本与韩国签署海上搜救及船舶紧急避难协定；在1994年，海上保安厅与俄罗斯海运局国家海洋救助总部签订互助方针。这类协定签署之后，除了实际的海难救助作为之外，日本与其他缔约国也定期举办海上联合搜救与污染防制的会议与联合作业演习。

海洋交通业务由交通部负责，主要分为三大类，分别是海上交通管理、助航设施管理以及安全通讯管理。

海上交通管理部分，包括管制日本周边海上航线交通、监控日本501个港口内船舶航行与停泊、管理港内工程和水上水下施工作业，以及监督捕捞活动。为此，海上保安厅在东京湾等通航密集区建立了七个海上交通管理中心，提供交通资讯、管制船舶航行等，以提高海域的营运效率与安全性， 尤其是在航行密集的86个港口内严密掌握船舶进出港的情况，以确保船舶交通安全。

管理相关助航设施部分，包括对日本境内5600多座灯塔、灯浮标和无线电航标灯等设施的管理与日常保养巡检；此外， 海上保安厅也在日本沿海设置了58处水文气象监测站，随时监测该海区的风向、风速、波浪等气像和水文情况，以随时提供气像与海况信息给过往船只。随着港湾航道的发展以及船舶高速化、专用化等趋势，近年的船舶航行方式发生了显著变化，因此海上保安厅也基于各地海域自然条件及船舶通航状况等要素，有计画地不断发展与更新海上航标设施，确保在日本沿海航行的船舶交通安全。

安全通讯管理部分，负责管理海上保安厅整个航海运作相关的安全通讯网络，包括遇险通信、进出港通信、检疫通信、发生自然灾害的紧急通信等，同时也依照情况发布航行警告、航行通告、特大型船舶航行通报和海洋气像预报等。为了强化海上紧急应变效率，近年海上保安厅也大幅度地改良、翻新传统的遇险和安全通信体制，大量引进自动化设备，并全面引进全球海事灾难安全系统（GMDSS）。

海洋情报业务由海洋情报部负责，主要是针对日本周边海域进行测绘、编辑海图，定期进行海底地形、水深、潮汐、海洋潮流、天体位置等海洋科学研究活动，并定期测绘、编辑、出版各类海图、电子导航海图、水路志（航海指南）、潮汐表、航海（天文）历等航海相关图书，并发放给各航运单位。海洋情报部下辖日本海洋数据中心，是日本全国唯一的最高海洋数据库，负责收集、管理境内外海洋科学研究机构提供的各种海洋资讯。除了航行安全之外，海洋情报业务的另一项重要机能就是藉由地形探勘来协助经济海域的划定（例如将资料提供给联合国相关单位进行划界），并探勘、开采埋藏在日本经济海域内的资源。

海面装备部分，至2004年左右，海上保安厅拥有450艘左右各类舰艇，分为警备救难业务用船、海洋情报业务用船、航略标识业务用船及教育业务用船四大类。海上保安厅最主要的装备是警备救难业务用船，包括1000吨以上能携带直升机的大型直升机巡视船（PLH）13艘、 1000吨以上未带直升机的大型巡视船（PL）38艘、350吨至1000吨的中型巡视船（PM）38艘、350吨以下的小型巡视船（PS）27艘、PC巡视艇57艘、CL巡视艇约170艘、 5艘消防船（FL）、3艘消防艇（FM）、3艘放射能调查艇（MS）、2艘GS警备艇、42艘监视取缔艇（SS）等。海洋情报业务用船则包括5艘大型测量船（HL） 与8艘小型测量船（HS）。

航略标识业务用船包括1艘航路标示测定船（LL）、2艘设标船（LM）、8艘中型灯塔巡检船（LM）、13艘小型灯塔巡检船（LS），此外还有3艘教育业务用船。其中，1992年完工服役的敷岛号（PLH-31）直升机巡视船满载排水量高达7175吨，是全世界最大的海警舰艇之一，可搭载2架AS-332L1超级美洲豹直升机， 主武装包括2座双联装35mm机炮、2座20mm六管旋转机炮，最高航速约25节，续航力超过20000海里，远洋值勤能力强大。

航空机部分，海上保安厅拥有拥有各型固定翼飞机29架与各型直升机46架，其中固定翼喷气式飞机包括2架LAG GV洋面监视机与2架LAJ Falcon 900洋面搜救机，螺旋桨飞机包括5架YS-11A海面搜索/监视机、4架SAAB-340B plus SAR-200海面搜索/救难机、10架Beech 350海面搜索/监视机、5架Beech 200T/B20)T警备救难机、1架SA Cessna U-206G小型救难/监视机，2009年2月又开始接收8架庞巴迪DHC8-Q300海面监视机。直升机则包括25架Bell-212监视/救难直升机、8架Bell412监视/救难直升机、四架AS-332L1超级美洲豹监视/救难直升机、2架Euroheli EC-225监视/救难直升机（AL-332L1的改良型，主要作为SST部队的搭载机）、3架S-76C监视/救难直升机、4架Bell-206救难/联络直升机等，在2008年又从意大利购入三架AW-139监视/救难直升机。

平成25年度（2013年）预算要求之中，海上保安厅要求编列382亿日元预算，比平成24年度的281亿日元增加不少，其中新购装备的预算括建造四艘1000吨大型巡视船（PL）、三艘30m大型巡视艇（PC）、三架具备恶劣天候值勤能力的中型直升机以及继续支付前一年度一艘30m巡视艇的预算，共149亿日元，此外还有进一步扩充使直升机直接传输红外线热影像至海上保安部的传输系统21亿日元；然而，由于2012年9月以后钓鱼岛事态恶化，海上保安厅在平成24年度（2012年）补正预算中把前述平成25年度装备预算170亿日元提前执行。

根据海上保安厅公布的资料，对舰艇装备的主要建设目标如下：

对航空机方面，海上保安厅的目标如下：

在大陆架划界问题上，海上保安厅则要求使用大型测量船，对调查海域的海底地形、地质构造、地磁和重力情况等进行调查。海上保安厅指出，“根据先前的调查结果，预计在日本南部海域200海里以外区域，也可以主张为本国的大陆架（依照1982年通过的地形自然延伸惯例）”，并要求在南鸟岛（日本领土最东的岛屿）周围海域进行调查，以确定在其周边划定大陆架界线的可能性。

主词条：1·2日本客机起火事故

当地时间2024年1月2日，日本东京羽田机场相撞事故中载有6人的日本海上保安厅飞机已确认有5人死亡，机长重伤。