事实上，娴静的海伦比活泼的茜茜更加容易适应哈布斯堡家族沉闷的王室生活，虽然她有一个不太好的习惯——经常性地迟到，常常错过火车和约会。

在订婚失败后，海伦整天闷闷不乐、郁郁寡欢。她的母亲露多薇卡公爵夫人非常担心她会想不开去女修道院做修女，在经过全家人的劝说之后，海伦终于答应了不去做修女，但是继续保持单身。她22岁那年，家里人都担心她会成为“剩女”，经过全家的几轮挑选后，露多薇卡公爵夫人为自己的女儿挑选了一个金龟婿——图恩和塔克西家族的世袭王子马克西米利安·安东·拉莫拉尔。为了让两个人见面并培育感情，海伦的爸爸马克斯公爵邀请了图恩和塔克西家族的几位成员来波森霍恩参加他举行的狩猎聚会。

当马克西米利安王子在波森霍芬度假期间，就把他的求婚请求递交给海伦的父母过目了。海伦的父母很快就同意这桩婚事。虽然两家父母都同意了，但由于图恩和塔克西家族在德国的社会地位，使王子身份远远低于拥有维特尔斯巴赫家族皇室血统的海伦，所以时任巴伐利亚国王的马克西米利安二世一而再地拒绝了。后来由于海伦妹妹奥地利皇后茜茜公主的压力，国王才最终应允了这桩婚事。

1858年8月24日，海伦在波森霍芬举行了她的婚礼。这门姻亲使得海伦得到了一条价值160,000古尔登的项链。可是具有讽刺意味是，虽然海伦在早年的订婚里被拒绝了，但却是公爵家五姐妹之中一个拥有美满幸福婚姻的女儿。

1859年海伦的长女路易莎出生，1860年次女伊丽莎白出生。1862年，她终于盼来了长子马克西米利安·玛丽娅的出生，1867年，次子阿尔伯特出生。

1877年，她的小女儿伊丽莎白嫁给了布拉甘萨的米格尔王子，可惜在生下第一个孩子后不久的1881年就去世了。

1879年，她的长女路易莎嫁给了霍亨索伦-西格马林根的弗里德里希王子，无子女。

1883年，她的长子继承了家业，然而幼时所得的猩红热使马克西米利安的心脏十分脆弱，他因此长期受到严重的心脏痉挛的折磨，终于在1885年因肺动脉栓塞去世。此后一直由海伦操持家业，直到小儿子阿尔伯特于1888年接手。

虽然她的婚姻很幸福，但是由于丈夫马克西米利安严重的慢性肾病，还是使她的婚姻黯然失色。可惜在当时的克尔斯巴德，没有一个医生能够治好马克西米利安的病，这使得1867年年仅36岁的马克西米利安英年早逝。

马克西米利安去世后，海伦通过慈善活动驱散丧夫之痛。她从奥地利皇帝，也即她的妹夫弗兰茨·约瑟夫一世手中收回了她的孩子们的监护权，而她的公公也开始将一些图恩和塔克西家族的家族事务交给她管理，因而海伦逐渐地成为了家族首领直至她的长子马克西米利安成年。

海伦在1885年长子去世至1888年次子成年的三年间再次掌管家族事务，此后她终于退休，得以专注于她虔诚的宗教信仰直至去世。

1890年，海伦因胃癌病入膏肓，她的妹妹茜茜赶来探望她。这是姐妹俩的最后一次会面，而茜茜也成了最后一个和海伦交谈的人。

尽管与茜茜有过一段尴尬往事，但海伦和妹妹一直保持着良好的关系，她曾数次探望健康状况不佳的妹妹。1860年，就在她的第二个女儿伊丽莎白出生后不久，海伦来到了科孚岛探望此时正重病的茜茜，在归程中她途经维也纳，将妹妹的病情告知了妹夫弗兰茨·约瑟夫一世。

1890年5月，茜茜来到了雷根斯堡看望在弥留之际的姐姐海伦。茜茜的女儿瓦莱丽记下了她们的谈话：

“奈奈（海伦的昵称）阿姨根本不相信自己会死，很高兴见到了妈妈，叫她为“Old Sissi——她们一直用英语交流。

妈妈说：‘她们两人都有艰难的时刻。’

奈奈阿姨回答：‘是的，可她们却都很勇敢。’”