掌全国海军政务，凡厘定章制，考究教育，节制海军人员，监督造械，任补黜陟官员，皆由该处详酌，呈陆军部堂官核定奏咨办理。设正使、副使各一员，管理全处事务。初辖机要、运筹、船政三司。三十四年，以该处为兴立海军之基础，改辖海政、船政、筹备、储蓄、医务、法务六司及主计处。宣统元年(1909)改为*筹办海军事务处。