1981年10月，创建海南清澜省级自然保护区管理站。

2009年6月，经省政府批准重新核定保护区范围，并更名为海南清澜红树林省级自然保护区。

2023年11月30日，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，海南文昌清澜湿地候鸟重要栖息地入选。