海潮寺始建于明万历年间。清代以来，和灵隐寺、净慈寺、昭庆寺并称“杭州四大丛林”。

1915年，名僧月霞显珠将上海“华严大学”迁至海潮寺办学，培养了一大批近代中国佛教僧才。

1933年，该寺脱颍上人曾下南洋取回巴利文贝叶经和明代唐寅等名人字画和经论著疏。

1944年，海潮寺大殿和藏经楼毁于火，惟余建于明末清初的天王殿及部分僧舍。建国后海潮寺由杭州中策橡胶厂使用，天王殿被作为工厂原料仓库。

2000年7月9日，杭州市人民政府将“海潮寺旧址”列为市级重点文物保护单位。

2019年12月18日，海潮寺复建工程举行奠基开工仪式。