祖师庙建于1937年，但其奉祀之「落鼻祖师」早在咸丰年间即有街民供奉，每遇天灾人祸，皆会落鼻示警预告乡人，常为沪尾附近居民所尊敬，以同治年间显神通救石门乡民免地震之灾，最为人所流传，中法战争也相传祖师爷大显威灵惧退法兵而获光绪皇帝御笔所赐之「功资拯济」匾额。一直到昭和年间才经地方人士发起建庙，於1932年在原萧府王爷庙址破土兴建。

祖师庙殿宇轩昂，装饰精美，名匠师黄龟理之木雕、陈天乞之交趾陶、张木成之石雕等件品充栋，可称是淡水民艺宝库。每逢五月初六清水祖师祭典，更是香客阵头云集，热闹滚滚，不逊於外国嘉年华会。

搭乘大众运输：

1、搭淡水捷运线，至淡水站下车，循中山路直行再接清水街步行即抵淡水祖师庙。

2、自台北市公园路搭往淡海的新店客运，至淡水站下车，循中山路直行再接清水街步行即抵淡水祖师庙。