2004年元月被定为公益性事业单位，多年来，剧团始终坚持文艺“二为”方向，认真贯彻“双百”方针，扎根江淮平原，长期活跃在江、沪、皖的广大城乡。建团以来，剧团先后排演了百余部剧目，多次在省以上获多项大奖，受到专家的肯定和观众的好评。在狠抓剧目的同时剧团始终不忘加强演职员队伍建设，不断提高演职员的业务水平。剧团拥有中高级以上人才30多人。迈入二十一世纪的淮剧团，面对竞争激烈的演出市场，剧团深挖自身潜力，转变思想观念，与时俱进，坚持 “两条腿走路”的发展模式，又组建了艺术团。近几年来剧团先后排演了音乐剧《红岩魂》、《开国总理周恩来》、《好支书李元龙》等剧目。剧团积极探索新的发展模式，努力把二十一世纪的文艺事业建设得更加繁荣昌盛。

2019年11月，《国家级非物质文化遗产代表性项目保护单位名单》公布，淮安市淮剧团获得“淮剧 ”项目保护单位资格。