2007年4月18日，原淮安北站经改造后投入运营，原淮安站更名为淮安南站。

2013年7月1日，根据上海铁路局执行新的列车运行图方案，淮安南站暂停客运业务，仅办理货运业务。

1996年，伴随着新长铁路开工建设，淮阴北站始建。

2001年2月，因行政区划调整，淮阴市更名为淮安市，原淮阴北站随城市名变更为淮安北站。

2003年1月，伴随着新长铁路开通运行，淮安北站开通，仅办理货运业务。

2006年5月2日，由铁道部和江苏省政府联合投资的新长铁路淮安北站改扩建工程开工建设。

2007年04月18日，淮安北站更名为淮安站并正式投入使用，原淮安站客运业务整体迁移到新淮安站。

淮安站主站房矗立在广场北侧，主体总平面形如“一”字，象征着总理海纳百川的宽广胸怀。28根罗马柱象征着周恩来总理开国后丰功伟绩的28年。为彰显淮安的地方特色，在火车站贵宾厅显著位置，设置周恩来亲笔书写的诗词《大江歌罢掉头东》。

淮安站的建筑造型充分运用柱廊符号作为基本元素，外墙面采用灰白色的毛面花岗岩弧顶的条形窗，万寿花的门框，层层叠出的檐口以及雕花与之相配，赋予合理的比例和优雅的艺术处理，巧妙地造就了建筑外轮廓的完整和精美；建筑体量高达，敦实厚重，内部空间广阔，象征着一代伟人周恩来虚怀若谷、海纳百川的形象；火车站反映了城市历史文化地理特征：柱廊再现了淮安丰富的文化内涵；车站稳重的形象隐喻了淮安人民手拉手肩并肩精诚团结共创辉煌的坚定信念，体现了淮安人民高屋建瓴，用开放的思想欢迎各方来客的精神风貌；运用新技术、新材料，塑造了一个大跨度大空间的建筑形象，站房与无站台柱雨棚一体化并存，体现了车站的建筑特征，满足铁路跨越式发展的要求。

截至2007年4月，淮安站总建筑面积10575平方米，其中站房面积9808平方米，地下出站大厅767平方米。建筑主体高度为22米、局部高度为30.3米，长180米、宽47.7米，檐口高度21米，设计旅客最高聚集数为2500人。

截至2007年4月，淮安站站房形式为线侧平式，站房主体为地上二层，地下一层。

地上一层为站台层，站房坐北朝南面向城市广场，站房南面最外沿轴线与城市广场挡土墙相距25米，基本站台设计标高-0.3米。本层主要为基本站台旅客进站层，中部设置有进站厅、候车厅，东侧为售票厅、贵宾候车厅等，西侧主要布置有行包房等。旅客可直接从进站厅进入基本站台。

地上二层为2站台旅客进站层。车站为对称式布局，一层中部设有进站大厅及候车区，二层中部设有候车区；旅客由进站大厅通过自助扶梯进入二层候车区，经由人行天桥到达2站台乘车；车站东侧设有旅客售票用房及旅客服务用房，车站西侧为车站办公用房。

地下一层主要设置了出站廊及出站厅，2站台旅客通过地道，基本站台旅客通过楼梯经由出站廊出站，换乘长途汽车的旅客通过出站厅西出口到达长途客运站，东出口楼梯可与旅客活动平台连接。

截至2007年4月，淮安站站场规模为2台5线。其中，基本站台1座，中间站台1座，正线2条，到发线3条，途经淮安站的线路为新长铁路。

截至2018年1月，淮安站售票大厅设有2台自助售取票机，3个人工售票窗口。

2020年6月20日起，淮安站实施电子客票。

淮安站站房在普通候车区及贵宾候车区设有乘客电梯，供到达二站台乘车的贵宾及残疾人使用。普通候车室与基本站台相连，中间设有绿色通道供旅客快速进站。

截至2012年1月，淮安站的公安制证点设置在淮安火车站派出所办公室内。

2019年春节黄金周期间，淮安站共发送旅客19299人次。

截至2019年6月，淮安站公交站台位于站前广场的东侧，途经淮安站的公交线路共有12条。

淮安汽车客运北站位于淮安站西侧，占地面积约7万平方米，建筑面积约4.5万平方米 ，日发送旅客最高可达3万人次，日发班次1200余班。站内主要开行连云港、新沂、北京、石家庄等淮安市往北方向的班线；同时配载南京、苏州、无锡、常州、杭州、上海、湖州、合肥等部分往南班线，长途班线日发388班；另外还为淮阴区韩庄、老张集、高堰、 王兴、古寨、宋集、北吴集、新渡、凌桥、徐溜、韩桥、韩圩、吴城、蒋集等农村客运班线设置售票专窗、固定候车区域、发车位，日发761班。

淮安站的正式开通，对改善苏北地区对外交通条件，加速江苏腹地经济发展，完善华东铁路网建设，方便苏中、苏北群众出行，具有重要的意义。（新华社 评）