更新时间：2024-09-01 09:12
2011年4月25日，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复了《深圳市城市轨道交通第三期建设规划（2011-2016年）》，深圳地铁7号线一期工程获批建设，线路在深圳市南山区北环大道与龙珠大道交汇处设置站点。
2016年6月14日，深云站通过竣工验收；10月28日，深云站投用运营，通行深圳地铁7号线。
深云的装修采用白色和橙黄色2种色调，搭配灰色大理石的装饰，体现出简约、大方的空间风格。
深云站的总建筑面积为19568.51平方米，其中站厅层建筑面积为8280.82平方米，站台层建筑面积为10281.6平方米，出入口通道建筑面积为815.09平方米；车站主体结构长度为377.04米，标准段宽度为28.2米，高度为13.29米，中心里程处顶板覆土厚度为2米，有效站台长度为140米；车站共设置3个出入口通道、1个紧急疏散出入口、3组风亭和3部垂直电梯。
深云站B出入口位于车站东侧，C出入口位于车站北侧，D出入口位于车站西侧。车站共设有地下两层，其中地下一层为站厅层，由栏杆及进出站闸机分隔成付费区、非付费区两部分，内侧为付费区，外侧为非付费区，设有客服中心、警务室等设施；地下二层为站台层，设有2个岛式站台；在站厅层南北两侧各设有1部垂直电梯和3部自动扶梯连接站厅层和两站台。
深云站为双岛式站台车站，共设置3条股道，其中北侧股道通行开往西丽湖站方向的列车，南侧股道通行开往太安站方向的列车，中间股道仅供回库列车或临时交路终到清客工作时使用；乘客若需换向，需上至站厅层后再选择相应方向候车。
据2024年9月深圳地铁官网数据，深云站开往各方向的运营时间如下表所示：
据2024年9月深圳地铁官网数据，深云站设备设施的所处位置如下表所示：
据2024年9月深圳地铁官网数据，深云站可换乘的公交线路如下表所示：
2024年8月起，深云站设置了“纳凉区”，现场配备了桌椅、儿童绘本书籍等，供市民乘客进行临时避暑休憩。
深云站站厅层设有文化墙“地铁建设进行曲”，画面整体运用插画的手法进行演绎，加上多彩的颜色点缀和艺术化的语言描述，展现出地铁的建设过程，寓教于乐，为市民乘客打造身边的“地铁知识课堂”。