1990 年 9 月 21 日，最高人民检察院文件批复深圳市南头区人民检察院改称为南山区人民检察院，设立深圳市南山区蛇口人民检察院。蛇口人民检察院作为南山区人民检察院派出机构，行使县一级人民检察院的职权，撤销深圳市蛇口区人民检察院。

2020年3月，最高人民检察院启动涉案企业合规改革试点工作，确定深圳市南山区人民检察院等全国六家基层检察院为首批试点单位。2023年9月，南山区检察院创建企业合规体验中心并正式揭牌。

南山区检察院按照“公正执法、加强监督、依法办案、从严治检、服务大局”的工作方针，紧紧把握积极查办贪污贿赂犯罪，严厉打击严重刑事犯罪、加强执法监督三项工作重点，努力开展各项检察业务工作。

十多年来，南山区检察院先后受到区、市、省等上级有关部门的表彰，1995年，被最高人民检察院评为“全国模范检察院”，1998年、2000年被确认继续保持“全国模范检察院”称号，2001年被授予全国检察机关优秀青少年维权岗。在广东省2002年、2004年的基层院考核中，连续被评为省先进检察院。此外，控告申诉检察科还是连续五届的全国检察机关“文明接待室”，连续三届的全国检察机关“文明接待窗口”，并于2005年被授予广东省“青年文明号”，于2007年被授予“全国青年文明号”。2006年，南山区检察院被评为“全国基层规范化建设示范院”。2007年，被评为第二届“全国十佳基层检察院”。