依法承担《职业病防治法》、《传染病防治法》、《执业医师法》等7部法律以及《公共场所卫生管理条例》、《学校卫生工作条例》、《医疗机构管理条例》等30余部行政法规和《生活饮用水卫生监督管理办法》等100多个部门规章赋予的监督执法职责，涵盖职业（放射）卫生、饮用水卫生、公共场所卫生、学校卫生、传染病防治和医疗服务监督等各个领域，主要职能包括：对深圳市财政性经费举办的医疗卫生机构及人员、采供血机构及人员依法执业情况进行直接监管；对市财政性经费举办的学校以及列入“政府直通车”名单中的机构、重大活动接待单位的传染病防治、公共场所卫生、饮用水卫生等公共卫生项目实施直接监管；负责深圳市职业病诊断鉴定办公室日常工作；负责拟定全市卫生监督规范、年度监督计划、专项工作方案和相关突发事件应急预案；负责全市卫生监督执法人员业务知识培训；负责对区级卫生监督机构实行业务指导、业务督导、稽查和执法考核；负责组织全市卫生监督机构开展专项监督检查；组织指导全市监督机构开展法律知识宣传；协调和指导各区卫生监督机构查处重大违法案件和跨区违法案件。