宝安区检察院的前身是宝安县人民检察院，创建于1956年6月，1976年被撤销，1978年恢复。1979年因宝安县改为深圳市，同年宝安县人民检察院改为深圳市人民检察院。1980年8月，深圳经济特区正式成立。1982年重新组建宝安县人民检察院。1992年12月，最高人民检察院批准撤销宝安县人民检察院，设立宝安区人民检察院和龙岗区人民检察院。宝安区人民检察院于1993年元旦正式挂牌。

建院以来，先后获得全国“人民满意检察院”、全国第五次“双先”会“模范检察院”、全国“基层检察院业务示范院”、全国“严打”整治斗争先进集体、全国先进检察院、检察委员会规范化建设示范单位等荣誉称号, 在全国检察机关“基层民行检察工作推进年”专项活动中被评为先进基层检察院，蝉联两届“全国检察机关文明接待室”、四届“全国检察机关派驻监管场所一级规范化检察室”等全国性荣誉称号。