学校中考成绩稳步提高、高考“低进高出”特色明显，97、98年连续两年荣获“深圳市普通中学高考工作一等奖”，99年高考更上一层楼，获全市高考进步率第一名的好成绩；学校重视德育工作，学生青年志愿者服务队是“市级青年文明号”、市模范单位，2002年“一线四化整体构建学校德育体系”的论文获“’95国家教育科研重点课题全国一等奖”，该校也被评为该课题全国实验先进实验学校，校团委被评为市红旗团委；教改活动深入扎实、第二课堂红红火火；体卫工作连续多年获“市体育工作先进单位”称号……学校以其优越的办学条件、科学的管理、显著的办学效益，得到上级主管部门的肯定及社会各界的赞扬，1996年获“南山区教育先进单位”称号，1997年获“深圳市办学效益奖”，2000年顺利通过“深圳市一级学校”的评估，2002年再获“深圳市办学效益奖”，2003年又迎接“广东省一级学校”的评估。学校还培育出许多三好学生，还设有儒雅少年评比，每年中考成绩优异，中考录取率比其他同等学校更胜一筹，这便是深圳市南山区蛇口学校的力量。学校2010年来还开始设立校园小社团，让学生与老师之间更好的交流与沟通。另外2009年还出版学校自办书籍“荔枝林”。