深圳沙河医院的临床科室设置包括：内科、外科、妇产科、儿科、康复医学科、中医科、口腔科、皮肤科、眼科、耳鼻咽喉科、医学影像科、检验科，预防保健科等。

沙河医院本部以康复医学专科为核心，康复医学科业务用房总面积达到1800余平方米，康复科专科病房床位50张，康复治疗专区面积达400余平方米。

沙河医院在沙河街道有5家下属社区健康服务中心，其中医院本部的沙河社区健康服务中心于2012年获得国家卫生部颁发的“全国示范社区卫生服务中心”称号。南山区唯一的一家美沙酮维持治疗门诊也设立在沙河医院。