该保护区内，受现状和规划快速路的切割，其核心区分离为两部分，即赤坳水库周边山体、田头山、寨顶、燕子尾等周边山体，占地929.3万平方米，占保护区面积46.3%；在核心区外围划定一定规模的缓冲区，其缓冲区部分受到人为干扰，生态环境已受到一定程度的破坏，植被以次生常绿阔叶林和人工林为主，占地面积543.5万平方米，占保护区面积27.1%；缓冲区外围存在人为使用需求的用地基本都划入实验区，包括道路、市政基础设施等，其实验区受人为干扰较为严重，基本上是人工种植的桉树林、相思林和荔枝林，还有一些村庄附近的风水林，占地面积534.5万平方米，占保护区面积的26.6%。