它的破坏性更大，传染的机会也更多，杀灭也更困难。这种病毒扩大了病毒程序的传染途径,它既感染磁盘的引导记录,又感染可执行文件。当染有此种病毒的磁盘用于引导系统或调用执行染毒文件时,病毒都会被激活。因此在检测、清除复合型病毒时,必须全面彻底地根治,如果只发现该病毒的一个特性,把它只当作引导型或文件型病毒进行清除。虽然好像是清除了,但还留有隐患,这种经过消毒后的“洁净”系统更赋有攻击性。这种病毒有Flip病毒、新世际病毒、One-half病毒等。

按对主机危害程度的不同，通常将电脑病毒分为三个级别：宏病毒、文件感染病毒（也称应用程序感染病毒）以及引导区病毒。宏病毒的危害程度最轻，通常是感染一些文字处理程序，表现现象为在文档中插入一些非法字符或短语。后两种病毒危害程度较大，混合型病毒通常是结合后两种病毒的特点，这样既可以增大病毒的危害程度，也增强了病毒的隐蔽性。文件感染型病毒在用户每次执行可执行文件时就会自动加载。引导区病毒在计算机启动时感染操作系统，每次开机都会感染病毒。