相对于2002年的资料，政府回应了保留香港岛山脊线以及维多利亚港景色的诉求，将高度限制由180米降至不超过香港主水平基准的130至160米，即预留20%山脊不受建筑物遮挡。因此，政府需要降低添马舰的发展密度，将部分办公室及原预留给香港规划及基建展览馆作为永久展览馆的空间从发展工程中删去。另一方面，政府曾建议将现时位于湾仔会议展览中心新翼西北的香港回归祖国纪念碑永久安放在政府总部前的公众休憩用地，但现时的计划未有提及。

添马舰发展工程预计总造价五十一亿六千八百九十万港元，当中三座大楼的造价为廿九亿五千万港元，即平均每平方米约1.16万港元。新政府总部预计可容纳3,270名职员办公，其中2,710人为政策局职员。首长级人员办公室预计面积为19平方米，文员、助理人员办公室预计面积则为4.1平方米。整个工程于2008年2月动工，并于2011年第四季竣工。

甄选工程承造者的过程分为两个阶段。首阶段是预审申请者资格，次阶段为邀请通过预审的申请者参与投标，最后选出承造者。

早于2002年8月至11月期间，政府已开始了资格预审阶段。在这个阶段中，政府会选出不多于5个具有设计、管理、财务及技术方面能力的申请者，邀请他们参与投标。当时评审委员会共接获8份申请，最后于12月18日选出其中5间机构。然而，由于工程于2003年暂时搁置，这次资格预审亦宣告无效。2005年底，政府重新启动甄选程序。首个阶段于2005年12月20日至2006年3月14日重新进行。这次评审委员会收到4份资格预审申请，并于2006年5月15日通过全数预审申请。

投标阶段于2006年9月29日开始，原定2007年1月26日结束，其后延长至同年2月16日。4个通过预审资格的投标者均有参予这次投标，分别如下：

（设计A）金门—协兴联营　（中选者）

（设计B）宝嘉华润营造添马联营

（设计C）瑞安—保华联营

（设计D）中国建筑—礼顿—有利联营

添马舰发展工程评审委员会将全权负责评审标书，以及决定批出合约的工作。委员会主席为时任政务司司长许仕仁，成员包括范徐丽泰、刘健仪、龙炳颐、黎年及刘吴惠兰。评审时会考虑多项因素，其中规划、可持续发展、环保、功能、技术，以及设计和美观方面总分的6成，价格因素则占4成。

由于这项工程的独特性和重要性，为提高公众参予程度，政府决定破例在标书评审阶段，参考西九龙文娱艺术区发展计划的经验，加入公开展览部分，安排4家投标者公开展示设计模型，让公众提出意见，并经由独立顾问香港理工大学公共政策研究所整理和分析，供让评审委员会在进行最后甄选前参考。公开展览分别于2007年3月28日至4月24日及4月28日至5月27日期间，先后于香港岛金钟道政府合署高座大堂及九龙尖沙咀九龙公园内的香港文物探知馆专题展览厅举办。

2007年7月17日，添马舰发展工程评审委员会公布标书评审结果。由于金门—协兴联营提交的“凯旋门”方案（设计A），质素及价格的总分在4个入围设计中最高，因此政府向该设计的提出者正式批出不具法律约束力的意向书。惟由于设计的部分建筑物座落于“公众休憩用地”，故需要得到城市规划委员会批准才能作实。2008年1月10日，政府正式向中标承建商金门协兴联营公司，批出总值49.4亿元的添马舰政府总部工程合约，工程于同年2月动工，预计新总部将在2011年5月落成。

据香港理工大学的民意调查显示，其实中国建筑—礼顿—有利联营提交的“帆船”方案（设计D），在“美观”、“凸显香港作为亚洲国际都会形象”、“树立总部应有形象”、“城市及海滨景观”和“与邻近地区连接”等五个环节均排名第一，但“凯施门”（设计A）只有在“绿化及环保”及“休憩用地”两个环节排名第一，其余排名第二。但在计算价格及环保等因素之后，最后由“凯旋门”方案稍为占优而胜出。

四组投标者所建议的四个设计方案中，均有不少共通元素。在建筑物方面，所有方案采用了大量玻璃幕墙，并且特别增添各式的环保设施，例如双层隔热屋顶、太阳能光伏板等。此外，所有方案也强调绿化，着重与海旁的中区海滨长廊的连接和融合。所有方案亦标榜“开扬”景观，并提供大量休憩用地，突显政府的开放形象、透明度及与市民的联系。另一方面，各个设计方案在设计概念及建筑物的布局上，也分别各具不同的特色：

设计A——中选者

设计A由金门—协兴联营提出，由严迅奇负责设计，由以门为主题，口号是“门常开、地常绿、天复蓝、民永系”。政府总部大楼高座采用“开敞的大门”为设计，中间位置留有一条直达海边的草坪，象征通达和开放。低座为“伸展的立方”，象征端庄、持恒与前瞻。而立法会大楼就是“玻璃围合的圆锥”，象征透明、包容及充满创意动力。环保设计方面，建筑物采用绿色屋顶、双层隔热屋顶、太阳能光伏板，以及冷热空气自然置换通风系统，并配合自然通风的高楼底设计。

设计B由嘉华—华润（营造添马）联营提出，以和谐为设计理念，配合风水学的布局，以带出“开明政府、开阔空间、共融共享”的构思。政府总部大楼高座的设计，采用线条鲜明的几何图案以及长方形楼体，以突显和谐。低座大楼运用正方形设计，配以石材底座，以展示政府的办事效率及稳定性。立法会大楼运用大量玻璃，构成高透明度的玻璃建筑物，象征独立及庄严。政府总部外围有一道120米长、约5米高的水幕，有如瀑布景观，除了给人开放的感觉，也起保安作用。公众休憩用地方面，设计将设有香港首个城市森林，除了栽种400棵成龄树，也会提供如欧洲式花园的灌木丛。

设计C由瑞安—保华联营提出，以“公众的添马”作为主题，建筑物采用动态建筑设计，并使用了无柱外框钢结构以添空间感。在环保设计方面，建筑物也设有绿化天台、自然通风双层幕墙、太阳能及风能发电以及综合导光及导风器。建筑物亦有多条水池包围。此外，设计包含一条都市绿化走廊，加上通风、通透的建筑物布局，使海景的阻隔减低。

设计D由中国建筑—礼顿—有利联营提出，由Daniel Libeskind负责设计，香港象征之一的帆船作为主题，以政府总部高座大楼及立法会大楼为主帆，低座大楼作掌舵。大楼的布局以象形文字“舟”字为概念，寓意行政及立法互相协作，使香港前景一帆风顺。立法会大楼呈珍珠形状，以配合香港有“东方之珠”之称，并突出其独立形象。而政府总部大楼外墙及室内，则采用了大量玻璃的透视设计，以显出香港社会更开明和开放。环保设计上，建筑物融合了空中花园的设计，并配合全面性的环保节能规划。休憩用地方面，会广种2万棵树木，包括香港名称起源牙香树及香港市花洋紫荆，更拟于海边兴建一座空中回廊。

添马舰发展工程具有多项正面效益。首先，中区政府合署空间有限，现时政府部分办公室需要租用邻近的办公大楼，办公室位置分散影响运作效率。新的政府总部大楼可将制定政策的部门集中起来，提高政府的运作效率，也省却了租用其他办公大楼的费用。

此外，现时香港立法会使用的前最高法院大楼地方不敷应用，除了议员办公室需要分散在附近的办公大楼，也无法在会议厅增加座位。新的立法会综合大楼，可为议员和员工提供充足的办公地方，以及更完善的设施，亦可应付将来的发展，例如扩充议席数目。另一方面，前最高法院大楼也可还原为法院用途，供香港终审法院使用。

休憩用地方面，添马舰工程连同中区海滨长廊，可为中环海旁提供约10.8公顷的休憩用地。优化的休憩用地设计使海旁一带更具吸引力及活力，突显香港作为亚洲国际都会的地位。

另一方面，这项工程会开设约2,700个新职位，主要受惠的为香港建造业。

根据2002年时的估值，添马舰发展工程所占用的地皮约值110至120亿港元。政府决定放弃拍卖地皮，机会成本相当高昂。

添马舰发展工程获多个专业团体，包括香港建筑师学会、香港测量师学会、香港规划师学会及香港工程师学会等支持，认同政府所提出的效益。

部分地产商反对计划，认为政府应该把地皮拍卖作商业用途，增加库房收入，兴建政府总部徒然浪费优质地皮。部分泛民主派议员亦反对计划，保护维港行动主席郭家麒认为，将添马舰发展工程强行上马是不明智决定。