1916年秋，清华学校为增强学生体魄，加强锻炼，成立兵操训练营，但此时少一面军旗。1916年12月28日《清华周刊》的消息称：兵操军旗式现已绘定。旗系紫色，中间置白色圆圈，内有‘自强不息，厚德载物’八个字。圈下绘枪两支，亦系白色。

到了第二年六月，《清华年刊》正式刊登了这面旗帜，军旗随即成为清华校旗。在普通场合，通常会悬挂紫、白两色，印有中文、英文校名的三角形校旗。