2000年，获生物学一级学科博士学位授予权。

2001年，生物物理学、生化与分子生物学被评为国家重点学科。

2004年—2006年，学院“国家生命科学与生物技术人才培养基地”三次年检中均被教育部评为优秀基地。

2005年，获海洋生物学二级学科博士点。

2006年，生物系实验教学中心被教育部评为首批国家级实验教学示范中心。

2007年，新增发育生物学国家重点学科，生物学被认定为国家重点学科。

2009年9月，撤系建制，清华大学生命科学学院正式成立。

2010年，完成首批生物学国际学科评估的试点工作。

2011年，成立“清华大学—北京大学生命科学联合中心”。

2012年，生物学一级学科在全国一级学科评估中名列第一。

2017年，生物学学科获评A+。

2019年，成立了清华大学生物医学交叉研究院，并开始招收TIMBR项目博士生；同年，签约了“清华-英国曼彻斯特大学联合培养生物学博士项目”。

据2022年3月学院官网显示，学院开设2个本科专业。

据2022年3月学院官网显示，学院有在职教职工总数为129人，其中，教研系列69人，教学系列9人，研究系列20人，实验技术系列28人，教育职员系列3人；有在站博士后214人，合同制员工336人；在教研系列教师队伍中，有中国科学院院士8人，有美国科学院外籍院士、美国人文与科学院院士、世界科学院院士各1人。

中国科学院院士（专职）：饶子和、孟安明、王志新、隋森芳、施一公、李蓬、陈晔光、谢道昕

美国科学院外籍院士：施一公

美国人文与科学院院士：施一公

世界科学院院士：孟安明

据2022年3月学院官网显示，学院有国家级实验教学示范中心1个；有“全国理科（生物学）基础科学研究与教学人才培养基地”和“国家生命科学与技术人才培养基地”，连续多年被评为“全国理科（生物学）基础科学人才培养优秀基地”。

国家级实验教学示范中心：现代生命科学实验教学中心

国家精品课程：现代生物学导论

据2022年3月学院官网显示，学院有博士学位授权一级学科点1个，博士学位授权二级学科点1个，博士后科研流动站1个，硕士学位授权一级学科点1个，国家重点学科3个。

博士后科研流动站：生物学（下设“细胞、发育和遗传学”、“生理和分子医学”、“生物物理学、生物化学与分子生物学”、“生物信息学、计算生物学、系统生物学及交叉学科”、“神经生物学”以及“植物学”等多个二级学科）

博士学位授权一级学科点：生物学

博士学位授权二级学科点：海洋生物学

硕士学位授权一级学科点：生物学

国家重点学科：生物物理学、生物化学与分子生物学、发育生物学

2017年，在教育部“学位与研究生教育发展中心”组织开展的第四轮学科评估中，“生物学”被评为A+学科。

据2022年3月学院官网显示，学院有国家重点实验室（分室）1个，国家工程实验室1个，教育部重点实验室2个，北京市重点实验室1个；有国家公共平台与新型科研机构2个，北京市公共平台与新型科研机构1个；有研究所5个，研究中心2个。

国家重点实验室（分室）：生物膜与膜生物工程”实验室

国家工程实验室：抗肿瘤蛋白质药物国家工程实验室

教育部重点实验室：“蛋白质科学”实验室、“生物信息学”实验室

北京市重点实验室：“蛋白质药物”实验室

国家公共平台与新型科研机构：清华大学-北京大学生命科学联合中心、国家蛋白质科学基础设施

北京市公共平台与新型科研机构：结构生物学高精尖创新中心

研究所：生物物理与结构生物学研究所、生物化学与分子生物学研究所、细胞与发育生物学研究所、生物技术研究所、海洋生物技术研究所

研究中心：植物生物学研究中心、细胞与发育生物学研究中心

据2022年3月学院官网显示，学院承担了大批国家“973”、“863”、国家自然科学基金等国家级科研项目，年均科研经费约4000万元，获得中国国内外授权专利100多项。在基础研究领域，生物系所发表的生物类SCI收录论文连续多年在全国高校中名列前茅，许多有影响的研究成果发表在Science、Nature, Cell、PNAS、EMBO、Plant Cell、MCB、Journal of Neuroscience、JBC、The Plant Cell、Plant Physiology、Nucleic Acids Research、AIDS、Journal of Molecular Biology、Journal of Virology、Developmental Biology等国际刊物。

据2022年3月学院官网显示，学院搭建了创新型研究生学术交流体系。该体系包括每年一次的“博士生论坛”（秋季）和“生命科学交叉论坛”（春季）、分别每两周一次的“水木清华论坛”和“生物论坛”、以及每周一次的“生命学院研究生学术交流会”。

2008年开始举办“博士生论坛”，2013年开始举办“交叉论坛”，2008年开始举办“生物论坛”，2013年开始举办“水木清华论坛”。

2021年10月，学院举办了第十四届清华大学“生命科学、医学、药学”博士生学术论坛和“北京动物学会2021年学术研讨会”。

据2022年3月学院官网显示，近年来学院部分同学到澳大利亚墨尔本大学、澳大利亚新南威尔士大学、澳大利亚西澳大利亚大学、香港大学、香港中文大学、加拿大多伦多大学、加拿大英属哥伦比亚大学、加拿大阿尔伯塔大学、芬兰阿尔托、英国曼彻斯特大学、瑞士苏黎世大学、日本东京工业大学、爱尔兰国立都柏林大学、美国德克萨斯大学-奥斯汀、美国加州大学欧文分校、美国加州大学伯克利分校、新西兰奥塔哥大学等中国国外大学交换学习一个学期。

2019年，学校签订了“清华-英国曼彻斯特大学联合培养生物学博士项目”，该项目利用两校在教育、科研、资源等方面的优势，联合培养具有国际视野和创新能力的生物学青年人才。

据2022年3月学院官网显示，学院曾举办“新生团队训练营”、“学生社会工作课”培训、新生舞会、学生节、卡拉OK大赛、毕业舞会、“旧书市”、迎新活动、辩论文化节等活动。

据2022年3月学院官网显示，学院宣传中心主办院刊——《荷风》，2008年，《荷风》被评为首都高校优秀校园刊物。