清华大学网络科学与网络空间研究院主要在网络体系结构、网络空间安全、网络应用支撑等方面开展科学研究，建设具有清华特色的网络空间安全学科研究生培养体系。建设和运行国内国际大规模学术网络基础设施，包括中国教育和科研计算机网CERNET/CERNET2主干网、国际国内互联中心CER-IX和CNGI-6IX、跨欧亚高速信息网络TEIN等。建设和运行国家科技基础设施和创新基地，包括国家重大科技基础设施“未来网络试验设施”、下一代互联网核心网国家工程实验室、网络空间安全国际治理研究基地等。