据考证，清微宫在元代就有了相当的规模，明永乐十年又进行了大规模修建。清微宫扩建完成后，明永乐皇帝亲赐宫额为“清微天宫”。

被赐为清微天宫当时是有说法的，传说玄武大帝在武当山得道升天后，常在这里显现真身。武当道士认为这儿是风水宝地，历史上许多隐士道人都愿意在这儿修行，使之师出有名，成为名门正派弟子。关于“师出有名和名门正派” ，不能不说说清微宫的前身——妙华岩。

妙华岩内现还存有元代的也是武当山唯一保留下来的道士们练功的丹床。丹床的外型很像现在的椅子，只是更长一些，人在上面可以躺着，也可以坐着。在古代，道人修练的方法很多，卧功和坐功就是其中一种，主要目的是要“坐忘安心，养和心性”，进而达到“长生久视”。

宋元年间著名高道叶云莱入武当后，就在这里得清微道法的绝技妙术，元世祖忽必烈十分欣赏其才能，赐为道都提点。叶云莱在此处心传妙法，手传道法，授徒数百人。率众建成南岩宫的高道张守清就是其中姣姣者之一。