清水心跳足球俱乐部是日本职业足球联盟创立时初期的10支球队之一，前身是静冈社会人连盟，是不所属于任何一个私人企业或团体，为加盟日本职业足球联盟而改名现名。

而正是因为当时它并不属于任何一个特定机构，所以是采取地方区域式的共同出资来维持球队运作，直到1997年发生财务危机时，球队内部重建，成为一家独立股票上市公司而经营至今。

2016赛季，清水心跳凭借J2联赛亚军的成绩获得2017赛季J1联赛参赛资格，时隔1年重返顶级联赛赛场。

2022年7月，日本清水心跳俱乐部宣布，巴西边路球员雅戈-皮卡丘（Yago Pikachu）正式加盟，双方签约两年半。

2023年5月7日，J2联赛第14轮比赛，清水鼓动主场9-1大胜磐城。7月13日，J2联赛清水鼓动官方宣布，日本U22国脚铃木唯人与法甲球队斯特拉斯堡的租期已到，正式回归球队。8月8日，官方消息，清水鼓动宣布队内日本U22国脚铃木唯人将于9日起离队不再参与球队活动，为加盟海外球队做准备。