清流河，总流域面积1265平方公里（一说1252平方公里），其中：滁州市境流域1056平方公里。洪水总量2.845亿立方米，每平方公里产水量27万立方米。

白茆河，又名大沙河，清流河西部上源。清光绪《滁州志》记载：“清流河，一曰白茆河，源出磨盘山下仙居涧。”今上源建有小油坊水库。此水南流经大柳、清流寺、广卫，至珠龙乡珠龙村下郭，有瓦店河自右岸来会，折东北流，于珠龙桥入沙河集水库；北有牛头山（水库）、丁家坝（水库）自下周杨交汇，至白石坂汇入沙河集水库，折流于沙河集东南王郢会盈福河，又南会嘉山百道河入清流河。白茆河全长约29.5公里，流域面积305平方公里。

盈福河，源出飞石山（亦名石屋山）鲁家凹，东北流经嘉山县境，转东南流，经马垣墙、陈家湾，南会双山大西冲之水，东流至张家湾，南会孟良山、焦赞山、棋盘山诸水，北汇梅家山头之水合而东南流，经南张，南会陡沟子水，北会烟墩沟水，屈曲东流，至湾里杨复入滁州市境，经盈福寺，因名盈福河。又屈曲东流至西牛王，西汇簸箕岭（水库）来水，至吴家公馆，北汇三户梁涧水，又东南流至安徽省农学院旧址，于沙河集东南王郢汇入清流河。盈福河主干流全长约25公里，其中：流经市境内12.1公里。

嘉山百道河，古称秋沛水。东源出老嘉山北仙人桥（白云涧）、过溪桥二水，东南流经嘉山县下侯、南黄，与尹家集东北来水合，又南流过帝子庵，至郑家坝与嘉山法华寺侧诸水和嘉山集诸水合而南流，至普贤寺于陡涧朱入滁州市境，又南流至大柿树会西源，此即秋沛水。西源出老嘉山西南金条洪，牛院子二水，南流经广福寺，故名广福河（今建有燕子湾水库），会源于嘉山县丁家冲南之水，过张八岭车站，南流入境内红石沟水库，合流至大柿树汇入嘉山百道河，经沙河镇潘家湾、团山子、焦巷、吴油坊、折而西南流，至三官乡三官村汇流（庄）注入清流河。嘉山百道河东西两源各长约25余公里。

瓦店河，发源于滁州市、定远县边界大山，自境内黄峰岭，南流经华严庵、田家户（水库），经曲亭店、门坎岭，汇合淤河自西南来入，东流经龙盘张、小伍；北有毛家洼、烂泥冲（水库）汇合来入，过瓦店街，始称瓦店河。又东经珠龙乡穆庄水库，于斗板肖汇自邓家洼～徐郢来水，至邢郝，南汇常家河、胡家涧汇流来入，折东北经珠龙桥，注入白茆河。瓦店河全长约15公里。

淤河，淤河有二源：一出北将军岭，一出弥陀寺。都是皇甫山之水北东流，合瓦店河，即《滁阳志》记载之曲亭前涧、百花冲涧。今淤河上源于皇甫林场南建有水库，二水交汇入瓦店河，全长约16公里。

常家河，源于施集乡小施和长洼等地，俗称长流河，今上源分别建有小王、普贤庵、中坝等水库，水汇流入常家河，北流过平塘徐，有胡家涧（上源三叉河水库）汇入。《滁阳志》记载：“胡家庄涧，在州西四十里，源出丁野孔山，流入清流沛，与瓦店河合”。再经兴珠寺、大涂、西小涂、下陈折东转北，于邢郝注入瓦店河。主干流全长约11公里。

红沙涧，古称双源沛。一源出嘉山县庙子山西北山涧，于张浦营乡入市境域，过上洪，南流入独山水库，至黄泥乡广山村之广济庵；另一源自来安县龙王山西麓之水，西面流合练字山之水来会于广济庵西，又南流过黄泥乡凡郢、许河、郭河、郭坝、沙河镇金牛村殷糟坊、大芝麻里、蔡家湖，西南流经三官乡边境至二道河，经蒙郢、蔡庄、东庄子、小河湾、新庄子汇入清流河。《滁阳志》记载：“红沙涧，在州北二十五里，源出来安县双源沛，俗称大沙河。”全长约30余公里，其中：流经境内约26余公里。

二道河，为清流河左岸支流，有东西二源。西源出自明光市东南部曾家岗（甄港）一带，西流至大毛村折向西南，于张铺郢北入独山中型水库，东源出自来安县境龙王山西麓葛王附近，过石桥小型水库，向西南入练子山中型水库，出库后向西南流经黄泥于独山水库下与西源汇，汇合后又南流经金牛、三官至九面塘入清流河。河长32.5公里，流域面积约146.4平方公里。

小沙河，源出花山乡荣誉村分水岭，东北行，至黄石坝村油坊、赵家河处东会龙蟠山西洼来水；西会侧菱山来水；又东北行，至城西水文站，东有丰山入红花桥水库来水，西南有花山、渴水岭入谭家洼水库来水；三源汇合东北流，经城郊乡官庄十五里大桥（亦名东仙桥），折北经赤湖铺（即石濑涧），东北行屈曲套湾，北汇金家桥来水，注入城西水库。明《滁阳志》记载：“沙河，在州西一里，源出侧菱山，北过福山，至赤湖，东注於石濑，又东注於西涧，俗又称乌土（兔）河。河经上水关，穿城中，经赤栏桥，南会洪沟桥水，过通济桥，出下水关，入清流河，俗称小沙河。”民国时期，小沙河“源委约有五十五六里。”昔日的西涧已淹没于城西水库之中，今上源约13.7公里。

凤凰沟，“源出白米山，东南流过金家桥下，与小沙河会合，出乌兔河。”今于城郊乡十二里头一里许入城西水库。

落马涧，旧志记载，相传：皇甫晖战败坠马于此，故名落马涧。源出白米山南麓，东流入清流河。

来河（来安河），源于来安县马岭山，流经杨郢、舜山、双塘、张山、新河、水口、三城、相官，广大、汊河诸地，分别由毛渡和陈沟两处入清流河。全长7O.2公里，河床最宽处约100米。属季节性河流，无结冰期。水口以下18.5公里河段可全年通航。来河的泄洪量为500立方米/秒，流域面积507.4平方公里。

沙河集水库，位于滁州市沙河镇西约一公里的滁河支流清流河的大沙河上，距京沪铁路沙河集站约1公里。该库于58年冬兴建，1953年10月开工，至1960年5月间，动员滁县民工近万人进行施工。至1962年9月完成大坝的加高培厚，开通了临时溢洪道，坝后渠道通水。1965年，灌区内过清流河倒虹吸工程完成，水库初步建成蓄水，灌溉受益。1973年进行除险加固，1974年建泄洪闸，1977年7月完成。控制流域面积300平方公里，采用千年一遇设计，万年一遇校核，按地震烈度6度进行稳定和抗震验算。水库死水位31.6米，相应库容2053万立方米，兴利水位40.5米，相应库容12359万立方米。汛期库水位37.0米，汛后库水位37.5米。该库是一座以灌溉为主，结合防洪、城市供水、水力发电、水面养殖、旅游等综合利用的大（二）型水库。

沙河集水库灌区包括沙河、城郊、三官、滁东、大王、黄泥、珠龙8个乡镇共15.57万亩8并有沙（河）城（西）干渠可向城西水库供水。

城西水库，位于滁城西门外，清流河支流小沙河上。来水面积168平方公里。大坝距滁城仅300米，距津浦铁路500米。正常蓄水位29.0米，水位高于滁城城内地面约10米，地理位置险要，故列为重点中型水库。枢纽工程由拦河大坝，新、老泄洪闸，放水涵洞，两处非常溢洪道组成。设计兴利水位29.0米，库容4400万立方米，汛期限制水位98.5米，坝顶高程33.0米。灌区包括清流河右岸（西岸）的琅琊、担子、乌衣、腰铺、汪郢、黄圩六个乡镇的耕地10.5万亩。因水源不足，灌区内又另建新桥、乌衣两电力灌溉站，抽引驷马山引江水进行补给。1958年12月开工。1965年5月基本建成，蓄水灌溉受益。据统计，自1981年至1999年，水库共供水3.71亿立方米，其中向滁城居民生活供水及工矿业供水1.75亿立方米。1992年供水量达2521万立方米。城西水库是滁州市区居民生活用水及工业用水最好水源。原设计功能为防洪、灌溉、发电、养殖等。随着城市的发展和扩大，主要功能为：防洪保安、城市供水、农业灌溉、水产养殖等。该水库是滁城供水的主要水源基地。因此，该水库又有“滁城人民的大水缸”之称。多年平均城市供水2000万米，农业供水1000万米

独山水库，位于南谯区黄泥岗镇独山村与林场村交界处，距滁州市城区约30公里，距京沪铁路约20公里，距104国道约15公里，距蚌宁高速公路约6公里。所处河流为清流河支流二道河上游，属长江支流滁河水系。流域面积49.4平方公里。原设计按260分钟降雨118.6毫米推算，设计洪水位55米，设计灌溉面积4.94万亩，灌溉黄泥、双塘、三官、官山、菱溪、沙河等乡，是一座以灌溉为主，兼滞洪、养殖等综合利用的中型水库。1997年由滁州市水利设计院对该水库进行除险加固工程规划设计，1998年省水利厅批复，同意除险加固。正常蓄水位54.30米，相应库容1200万立方米，设计洪水位55.90米，相应库容1650万立方米，校核洪水位57.05米，相应库容2010万立方米，死水位45.00米，相应库容80万立方米，汛期限制水位54.30米，库容系数0.82。调节系数0.22。工程效益：1、防洪效益：保护面积2.0万亩，保护人口1.0万人，下游京沪铁路、蚌宁高速公路、104国道。2、灌溉效益：旱涝保收面积2.6万亩，灌溉保证率80%。

清流河航道。清流河发源于滁县境内，流经滁县城关镇、担子、乌衣镇，至汊河集汇入滁河。汊河至乌衣为下游，长20公里；枯水季节水深约1米，航道宽20米，可通航20吨位的船舶。乌衣至滁县城关镇为中游，长21公里，建国前，正常年份可常年通航20吨位木船，干旱年份断航4个月左右。建国后，因沿河两岸农民在河堤、河床上种植庄稼、扒砂，水土流失严重，河床升高，河道淤塞，20吨位的船只不能通航。1985年，安徽省航运管理局组织机械疏浚了伏家湾至汊河集段河道，该段达到6级通航标准，枯水季节水深为1.5米，可常年通航至滁州市。

来河航道。清代，200吨驳船可溯来河水而上抵达毛家桥。民国年间，毛家桥至清净庵桥段河道逐渐淤塞，不可通航；水口镇至小河口段15公里航道在涨水季节可通航10吨左右船只。1960年以后，因灌溉农田之需，先后在来河上筑起滚水坝，到1971年，来河不再通航。

1972年，来河自对河桥上段至汊河公社陈沟清流河入口处38.6公里长的河道经过治理，治理后被称为“新来河”。该河主要用于引江灌溉和汛期排洪，其通航河段只有水口镇到汊河乡陈沟18.5公里；河底标高3.5米左右，河底宽30至35米，水位受汊河闸控制。汊河闸设计最低通航水位为6米，水深1.5米以上，符合6级通航标准，50吨船舶可常年通航。水口至对河桥段河道分为三级，河底标高分别为9.5米、17米、20米，河底宽15米，若在水口镇和杨庙分别建一道船闸，船只可直达对河桥。