1953年，土改时分置为清溪镇（只辖街道居民）、龙马乡、永乐乡、沉犀乡、公益乡、四平乡、永安乡、新建乡。

1955年12月，撤销新建乡，将原孝姑15保、榨鼓第9保分别划入孝姑、榨鼓两乡，其余并入四平乡。

1956年3月，永乐乡和沉犀乡并入龙马乡。公益乡、永安乡并入四平乡，清溪镇仍只辖街道。

1958年9月，龙马、四平、麻柳、九井4乡和清溪镇合并建立清溪人民公社。

1959年7月，撤销清溪人民公社，分置为清溪镇（只辖街道）和龙马、四平、麻柳、九井4个公社。

1962年7月分别从四平、孝姑、榨鼓划出原新建乡辖地建立新建人民公社。

1981年9月，新建公社更名为南岸公社，龙马公社更名为洛江公社。

1990年1月，撤销洛江乡并入清溪镇。

1992年8月，撤销四平乡和南岸乡并入清溪镇。

2015年，清溪镇辖筒车、胭脂、百箩、三山、洛阳、洛江、踏水、灌引、沉犀、渠成、龙门、天山、祇园、永安、保安、七一、上游、五龙、和平、龙兴、新乐、盐坪、南岸、永星、丁家、康家共计26个村194个村民小组及交通、建新2个社区15个居民小组。

2019年12月13日，四川省人民政府关于同意乐山市调整市中区等8个县（市、区）部分乡镇行政区划的批复（川府民政〔2019〕20号）：决定将祇园村所属行政区域划归九井镇管辖，将孝姑镇紫云村划归清溪镇管辖。

截至2019年，清溪镇下辖2个社区和26个村。

2022年辖2社区14村：

清溪镇位于乐山市犍为县南偏西10公里，东与孝姑镇隔河相望，南与九井镇接壤，西与双溪镇相连，北紧邻玉津镇，区域面积83.293平方千米。

2015年，清溪镇总人口1.69万户4.97万人，其中非农业人口9179人。

2017年，清溪镇常住人口39726人。

2022年，辖14个行政村108个村民小组、2个社区8个居民小组。户籍人口48938人，常住人口38626人。

2015年，清溪镇耕地面积2.73万亩，其中田2.59万亩、土1363亩，主导产业为水稻、畜牧、茉莉花。

2015年，清溪镇粮食总产量1.67万吨。农民人均纯收入1.23万元。规模养猪场75户，生猪存栏2.66万头，出栏5.43万头，规模养鸡场33家，禽存栏28.6万羽，出栏463.79万羽，产值达到2.358亿元。

2015年，清溪镇镇内有工业园区2个，各类企业50家，从业人员0.2万人，工业总产值达到13.5亿元，占全镇工农业总产值的57.28％。

清溪镇境内有国道“213”线南北纵贯全境，乐宜高速、仁沐新高速、五犍沐快速通道经过镇境，马边河西东横流而过，水陆交通便捷。

截至2015年，清溪镇幼儿园20所，入园幼儿1861人；小学3所，即清溪中心小学、百箩小学、丁家小学，教师164人，在校生2414人；初中1所，教师118人，在校生1677人；高中1所，教师103人，在校生1826人。

2022年，清溪镇现有中学3所、小学2所、幼儿园14所。

截至2015年，清溪镇有运动场6个，篮球架15副。清溪镇文化中心、老体协以及各社区各村活动室设有乒乓球台。

截至2015年，清溪镇全镇医院2所（公立1所、私立1所），共有病床99张。村卫生室26个。

车舆，字孟载，明代嘉定州犍为县清溪乡人，生卒不详，明永乐十五年（1415年）举人，正统四年（1439年），官至户部山东司郎中。

文朝辅，字静岩，清代嘉定府犍为县清溪镇人，生卒不详。清同治十年（1871年）进士。及第后不愿出仕，后为成都府教授。与宁廷弼被县人合称为“朝廷辅弼”。

宁廷弼，字傅岩，清代嘉定府犍为县清溪镇人，生卒不详。清同治十三年（1874年）进士，官至户部主事，后任嘉定府九峰书院山长。与文朝辅被县人合称为“朝廷辅弼”。与其兄宁廷辅、其弟宁廷贞被县人誉为“宁氏三杰”。

宁廷辅，字左卿（一作佐卿），清代嘉定府犍为县清溪镇人，生卒年不详。咸丰十一年（1861年）优贡，同治年间曾任兵部主事及镇南州（今云南省南华县）知州。与其弟宁廷弼、宁廷贞被县人誉为“宁氏三杰”。

宁廷贞，字子元，清代嘉定府犍为县清溪镇人，清同治三年（1864年）举人，曾任福建安溪等六县知县。与其兄宁廷辅、宁廷弼被县人誉为“宁氏三杰”。

宁芷邨，（1895-1984），又名宁泉礼、宁藩龄，号子春。四川省犍为县清溪镇人，1922年毕业于北京法政专门学校（后更名为北京法政大学）。民国时期爱国金融实业家。解放前从事金融和实业工作，创办了四川水泥厂（西南第一家水泥厂），创办和通银行，接收重庆平民银行，创办嘉阳煤矿。解放后曾任重庆市政协第二至第七届委员、市工商联执委、市工商联常委、重庆市民建及市工商联文史资料工作委员会副主任、四川省工商联合会顾问等职。1984年9月3日卒于重庆市，终年90岁。

省级文物保护单位有“沉犀节孝坊”。市级文物保护单位“向氏宅”“甘露桥渡槽”“建新街宁氏宅”，县级文物保护单位“沉犀秋月”“南华宫”“宁芷邨古居”“老君山岩洞群”“云亭晓烟”“宋城墙遗址”“杨泗庙”。“半边寺”。

节孝坊：沉犀节孝坊于清嘉庆七年（1802年）请旌奉旨修建。历经八年，于嘉庆庚午（1810年）仲冬竣工。已有200多年的历史。孝坊为四柱三门，四柱三间面阔7.99米，三重檐五楼，通高11.25米。石台基长11.92米，宽8.1米，高0.6米。

宁芷邨故居：宁芷邨是川南知名金融实业家，曾以大股东的身份于（民国二十七年）1938年12月在嘉阳煤矿第一次股东会上，当选为该煤矿监事。现成为旅游观光热点的嘉阳小火车，便是出自他手。宁芷邨故居当地人称“铜门坎”，占地面积1970平方米，始建于清代。有6个天井，最大的一个天井达100多平方米，最小的一个10多平方米。位于庭院深处，坐落着保持清代原貌的绣花楼。

文朝辅进士第：建于清代，文朝辅进士第位于书堂街9号。

宁廷弼进士第：建于清代，宁廷弼进士第位于镇上和平街。

观音庙：位于筒车村干河儿，民国九年（1920年）建，俗称太子庙，正殿1座，已毁。1996年至2000年在原地重建，占地约1亩。

玉观寺：位于盐坪村三、四组交界处，1993年至2006年在原玉皇观旧址新建，占地5336平方米，建筑面积3500平方米，有大雄殿、天王殿、观音殿等及附属接待设施。

白马庙：位于三山村土坝垴，宋代建正殿1座，后毁，2000年原址重建。

半边寺：位于祗园村佛儿岩，明嘉庆三年建正殿1座，后毁。但摩崖佛像尚具艺术观赏和研究价值，于2000年修建文物保护亭。

清溪渠：1945年在清溪投资兴办的水利工程清溪渠，现存翁文灏于1945年3月题词“水到渠成”，其中部份水渠仍在造福当地百姓。

古城墙：清溪大桥桥头下，尚存一段古城墙，位于南华宫和东皇宫外，马边河岸边，此外还有水码头。

清溪镇是远近闻名的“茉莉之乡”。清溪镇从20世纪50年代起开始规模化种植茉莉花，经过几十年来不断地发展壮大，现已形成种植面积2万余亩，年产茉莉花6000多吨，产值4000多万元，成为规模居全国第二，四川第一的茉莉花生产基地，被四川省特产协会命名为“四川省茉莉之乡”。1993年国家农业部、四川省农牧厅将清溪镇列为万亩茉莉花基地，1995年获乐山市政府茉莉花栽培技术科技二等奖。2011年农业部授予清溪镇“茉莉之乡”称号。

犍为茉莉花茶是国家地理标志保护产品。茉莉花的规模发展，带动了茉莉花茶加工业的发展，全镇有茉莉花茶加工厂31家，手工作坊110个，2015年累计年加工茉莉花0.75万吨，产值1.65亿元。所加工的茉莉花茶“清茗香、佛都春香、巴蜀奇峰、碧潭飘雪、炒花甘露、茉莉红茶无公害农产品称号。

2010年，清溪镇获住房和城乡建设部、国家文物局授予第五批“中国历史文化名镇”荣誉称号。

2011年，清溪镇获农业部授予清溪镇“茉莉之乡”称号。

2018年，清溪镇获四川省绿化委员会、省林业厅评为四川第二批省级“森林小镇”。

2020年11月20日，获第六届全国文明村镇荣誉称号。

2021年，入选第三批“四川最美古村镇”名单。