影响渔业水域环境的主要因素是水质污染和对水域环境的人为破坏。水质污染包括石油污染、重金属污染、农药污染、有机物朽染、放射性污染、热污染、固体废弃物污染等。对水域环境的人为破坏是指未经充分调研，盲目围海(湖)造田、拦河筑坝，或进行海底爆破、修造水下工程等 。渔业水域朽染对渔业的危害主要表现在：鱼

类的生存空间缩小，资源量减少，质量变差，个体变小或成畸形；破坏渔业生态系统，危害了其它生物的生长繁殖，进而损害了鱼类的饵料生物来源，甚至使水体失去渔业利用价值；鱼固体内残留了大量的有毒物质而失去食用价值；人类食用有毒鱼类后，危害了人体健康。最终形成的“死湖”、“死海”将直接牵制社会文明的进步。

随着我国经济的发展及城市化进程的加快，大量未经适当处理就排放的工业污水和生活污水对渔业水域的生态环境带来了严重的损害，一些江河湖泊和局部海洋的污染日益严重，赤潮频繁发生，鱼类资源量锐减，甚至消失，个别渔业水体失去利用价值，严重阻碍了我国水产业的发展。虽然我国已经颁布了不少涉及渔业水域环境保护的法规，采取了一些管理措施和手段，但渔业水域环境在总体上未见明显好转，个别的仍在继续恶化。