1921年春，孙中山任命他为海军舰队司令， 兼“海圻”舰舰长。1922年6月16日陈炯明叛变，他将孙中山接到珠海， 乘小轮登上“楚豫”舰。后孙中山驻“永丰”舰上，直到8月19日乘一艘英国驱逐舰离广州去上海。

1923年12月，他背叛孙中山，率舰队驶往青岛，改称渤海舰队，北洋政府任命他为舰队司令。1924年10月，他率舰队参与第二次直奉战争。1925年张宗昌督鲁，温树德兼任胶澳商埠督办。 5月25日，青岛日本纱厂工人第二次罢工，他于29日拂晓受张宗昌之命派出陆战队镇压罢工， 制造了青岛“五二九惨案”。1925年9月后任海军部咨议和海军部次长等职。1927年蒋介石下令对他通缉，他逃往日本。

抗日战争期间，国民党苏鲁战区总司令于学忠任命温树德为战区党政委员会高级顾问。战区垮台后，他回益都(今青州市黄楼镇)凤凰店村赋闲。1942年被日宪兵队逮捕转押青岛，日劝他“出山”参政，他拒不从命。1945年何思源任国民党山东省主席，他赴济南求见，被任为省府参议，直到1948年济南解放。后病死原籍。