06月，电脑玩家社长期望发行的《游戏基地通讯》再度“创刊”，但因城邦集团杂志众多考量，并无后续期数。此时会员人数成长到80万。

07月～08月，会员人数超过100万。

JSP改版

10月中旬，进行网页架构改版，全面转换为JSP网页架构，进而有很长一段时间的程式更新期间，之所以不会恢复成旧的ASP网页架构，是考量系统的安全性以及效能。减少微软IIS网页服务器的漏洞，并因应浏览人数过多的效能问题。在改版期间“社群版”屡屡被无预警加入测试行列，导致许多社群版区的版主群体抗议，造成社群版人气大幅下滑。

4月12日，由于游戏基地与So-net的合作不再续约，故即日起正式移除原本在游戏基地数据库中的So-net游戏基地会员资料（有前缀字符x），这些额外产生的账号与密码无法再登入游戏基地网站，但也相对减少了原先系统安全上的问题。

7月，中国黑客利用微软IE浏览器的漏洞，透过微软系统服务器漏洞在游戏基地首页与购物特区、新闻等ASP架构的网页放置针对知名线上游戏天堂的木马病毒，JSP版本讨论版页面因为含有由ASP版本页面产生的最新游戏排行榜等静态html，黑客透过修改html的内容仍可散布木马程式。经过这次木马事件，游戏基地的人潮逐渐往性质类似的游戏网站巴哈姆特电玩资讯站聚集，避免因前往讨论版阅读文章而中木马被盗取游戏账号、密码，从此游戏基地的人气下滑，alexa的网站排名数据不若以往。

10月～12月间，第一次选拔优良版主与热心会员，不过该活动屡次传出恶意拉票甚至交换票选的情事发生，导致热心会员的名单因不肖会员做票的影响，站方不愿意对外公布而取消。网络上的谣传指出，优良版主的部份比较公正，但是热心会员就等于是在比谁的朋友多，谁得票率就高，一旦公布投票名单就会发现一群人在给自己投票。

4月12日，游戏基地讨论板文章内文页面即日起显示发文者IP前三码，以减少交易板诈骗、乱板小白、分身造成的不良影响，并希望会员建立良好的发言态度。同时，为了减少盗用密码进行诈骗的产生的影响，显示IP前三码，也有助于会员对自己账号登入或发文来源获得更多的识别，进而知道是否有人盗用账号。

1月，选拔2006年的优良版主。不过需要填写推荐原因，甚至还可以看见推荐人，主要是为了避免2005年首度选拔时发生的会员人为舞弊，不过该次选拔依旧传出有少数不肖版主开分身投票给自己的传闻。

2006年9月，基地开始计划网站改版。

2007年3月，假台北萌萌动漫资讯馆举办板主聚会，到场板主约六十余位。在聚会中有吃有玩还有抽奖，颁发优良板主选拔得奖者，最后还有板主给基地高层将来改版的建言，整个活动从当天11点半开始至下午4点多结束。

2007年6月，网站改版规划雏形，改版规划以WEB2.0为蓝图，放弃过去网站以提供内容为主的模式，把新闻、网站消息、游戏讯息等以讨论区的方式呈现，期望由网友提供内容。并开始进行开发网站程式，并且以PHP为主要的开发程式。预定于7月1日完成。

2007年7 月，原本计划于7月1日正式上线，但是由于规划时间过长，专案规划不明确，责任不明，开发时间过短，所以延至8月1日上线。并从7月20日后停止部分会员资料修改，并于7月30日开始进行上线。唯至7月30日，不少进行测试的版主群声称无法在新版面登入、发文或进行其他动作，而且完整的版主功能也并未对外开放。大部分旧架构JSP的版面于7月31日公告后停止服务，整并进新的PHP网页架构服务，如法律教室等一些比较静态的内容就全部整合进到新服务Wekey的页面里。

2007年8月，网站刚上线，网站结构分设为PC、TV、动漫频道，内容开始朝平均多元化发展，但仍以PC内容为主。许多的功能都有问题，开始修正网站程式。本月基地技术人员因技术能力不足而被迫离开。

PHP改版

2007年8月，游戏基地对外的服务大部分都改版为PHP网页架构，一如外界先前的预测，只能以混乱两字可以形容。功能异常，错误讯息随处可见。板主管理功能也如同官方宣称只有基本功能，且功能不正常也不完全，许多基本功能尚未正式开放。版面设计也遭会员质疑设计不良，会员功能不知如何使用与无法使用等。

较正面的意见是个人会员页面结合了部落格功能和CSS语法的“MyBase”，能够作为未来网站功能强化的基础，具备个人讨论版文章资讯的整理、自订版面、类似部落格的日记文章、家族、好友等功能。改版新增了 MyBase日记/家族/游戏连署、功能与WIKI相似的“Wekey”包括个人化“Wekey”、IMAX线上杂志、主题频道、个人讨论版、手机 &较多元化会员认证功能、G档案、自编新闻功能、新PHP新网页架构形式黑色主题色调、白色主题色调的切换。另外包括流量较为大之服务页面接口全数更换。

2007年9月

游戏基地与游戏新干线新游戏“Web三国” 合作，该游戏因具有“免安装，打开网页即玩”的特色，推出游戏基地板Web三国，并祭出用G币(游戏基地借由鼓励玩家参与活动的虚拟币)即可购买游戏内虚拟宝物，将G币发扬光大的活动，当期游戏基地也对游戏新干线代理之新游戏做最大的广告宣传，服务器OB后由游戏基地负责营运

游戏基地版本Web三国登入页面

由于未能有效控管会员素质，负责游戏基地营运的高层主管期望改版改善功能与人气，前后分三次进行网站系统的主要架构改版。过程中许多电磁性历史资料与文章内容、网址未能保留下来（多为2004年以前），网站的人气也在接连不断的低品质笔战中流散。随着工作人员持续地一波波地更换，以及电脑玩家整并进电脑家庭出版集团，接着电脑家庭整合进城邦集团，城邦集团又在2007年3月购并Pixnet，两个网站事业也合并后，游戏基地进行了数个月的程式结构与版面修改。

2007年8月起，对外主要服务大部分已经改采用PHP网页架构的新版网页，Pixnet也是采用PHP的网站。并新设有一个采用类似Wiki接口系统的游戏攻略协作计划“Wekey”，分别又分为PC Wekey、TV Wekey、动漫Wekey、城邦集团“妈妈宝宝”的妈妈宝宝Wekey，9月与游戏新干线合作的Web三国，宣布服务器由游戏基地负责经营，是台湾第一个拥有永久资料网页游戏经营的游戏资讯站。

2007年9月中，游戏基地推出强大功能“GamebaseMail”，简称“Gmail”（仍在进行系统优化，尚未开放）。与原本的站内传讯以及巴哈姆特电玩资讯站的勇者召唤器不同的是，Gmail拥有的是个人信箱的功能，并非会员对会员，而是可信箱对Gmail信箱，也可Gmail信箱互通。 游戏基地宣称:

1.游戏基地会员专属邮件地址：将以你在游戏基地的账号做为邮件账户。

2.邮件储存空间容量大大提升：每个使用者都可拥有2GB 的储存空间

3.邮件搜寻工具功能再度进化：你的收件匣将拥有强大的搜寻功能，不用费时整理也可以迅速找出所需的邮件

4.确实地整合你的邮件通讯录：Gmail 可自动记住您联络过的使用者，借此追踪您的联络人

5.好友即时通讯线上群组对谈：在邮件浏览器视窗检视联络人是否在线，可即时通讯，储存和搜寻交谈会话群组

6.病毒、垃圾邮件和防止诈骗：Gmail 能有效拦截病毒、筛选垃圾邮件，并在您收到网络钓鱼诈骗讯息时提出警告

7.POP弹性设定多元化运用：POP 可让您将讯息从 Gmail 下载至 Outlook 和 Eudora 等应用程式

8.邮件转寄立即管理更加方便：电子邮件可设定自动转寄至你的邮件工具或是Gmail（双向）给予你更多弹性的选择

9.手机存取行动商务更进一步：可在 BlackBerry 智慧型手机上安装 Gmail 手机程式，随时随地存取邮件

10.支援Microsoft Internet Explorer、Mozilla Firefox、Safari、Opera、Mozilla、Netscape等浏览器

11.支援30种以上国际语言

但实际功能由于尚未开放，不得而知官方的说法是否为实。

在各大游戏论坛，认为影响游戏基地低靡的人气值，主要原因是使用者低落的素质所引起的。 然而，使用者素质是低落的间接原因之一，真正影响到低迷的人气值的公认来自两大主因：

1. 2003年漫长的网络架构改版。

2. 2004年木马放置事件。

3. 2006年网络黑客事件。

网络架构的改版对于整个人气值的变动有相当程度的影响，在JSP版本改版初期改变了原本开启网页的速度和减少讨论串的篇数等等。但是相对的产生更多问题。

在改版初期针对版主管理功能做出与旧版网页架构迥然的改革，可能是经验不足与程式码的臭虫的因素，造成相当多的抗议与纷争。

1. 在2003年10月，有极少数不肖会员利用JSP网页架构漏洞非法获取该讨论版管理权限，进而使用漏洞删除他人文章。为了修补该重大的漏洞，官方紧急关闭所有版主权限一个礼拜，然而这一个礼拜的时间游戏基地成为无板主管理机制的网络论坛。

2. 2003年10月，禁言功能形同虚设，使用禁言功能，有一定的机率依旧可以发表文章，禁言功能一直2004年5月更改禁言程序与架构后才改善。

3. 2004年4月，改版初期偶尔会发生网页转换时极度容易出现IE浏览器当机、无法搜寻该网页，甚至只能读取一半的网页内容等现象。由于网页架构大规模更动的后果，使得原本不太友善的管理接口更为错综复杂，但当时许多热心板主的彼此互助，才未明显的突显出管理接口的缺乏与不合理现象，例如基地导览说明，竟是ASP版本的会员功能与板主功能解说。

4. 2005年～2007年7月，这段期间改善板主管理功能的稳定性改良与功能补强，加入了分区管理功能与进阶的文章管理功能（移动、合并、删除），进板图大小的放宽，删除标题文章的隐藏分区设置等等。

网页开启不易

不论是原始的ASP架构或是改版后的JSP架构初期，讨论板的网页开启速度缓慢，加上系统不稳定，偶尔会出现读取数据库错误的讯息，部份流量大的讨论板网页有可能必须重新读取数次才能看见完整的页面。JSP架构中期，基地试图改善服务器的负载现象，透过JavaScript让使用者电脑读取来分担个人讨论头像图片的显示，导致部份会员等级较低的电脑效能在读取大量JavaScript时会降低效能的现象，之后程式人员修改了架构，减少JavaScript的数量，排除了降低使用者电脑速度的现象。

功能使用不易

在JSP改版后，一直未更新的上一世代导览说明，许多新使用者无从上手，只能借由其他热心使用者的回答与说明，来认识网站功能，造成许多新会员使用不易的印象。后来有热心版主准备图文的功能教学，这类社群互动改善了原应该由官方提供资料来解决新上任版主管理上的不熟悉问题。

会员认证方式过于繁复

由于安全性的考量，永久认证采用人工验证身份证的方式，以传真身份证或亲自到现场的方式做为身份确认，但也造成了许多会员的垢病，作业缓慢以及资料外泄的疑虑。又因JSP系统在2007年8月改版前，采维护不更新的方式，因此认证系统一直只有E-mail与身份证认证方式两种。PHP版本改版后，提供手机认证、会员推荐认证、E-mail一般认证等不同机制。

虽然当初游戏基地站方在JSP网页架构改版后初期宣称改版阵痛期只有3个月而已，但实际上从开始改版到真正修复所有BUG，并使网站系统进入十分稳定的时间，前后长达6个月～9个月。然而改版的过程并非全都只有负面的批评而已，而是改变以往ASP版本时不尽便利的功能、令人诟病的问题，并在2005年9月JSP版本中期借由导入快取机制改善了JSP网页架构的浏览效率，一直持续稳定到2007年7月底。

2007年8月全面转换网页架构为PHP后，修复75%以上的BUG大约为期两个月，但2次改版才知道后果，只期望这次改版能提升游戏基地人气值。

由Alexa数据资料可以看出，最明显的抬升是2004年得到最佳网络社群奖，最明显的滑落也是2004年的木马放置事件。

2006年底，游戏基地被两名黑客入侵，嫌犯分别为16岁吴姓少年及曾任职“游戏基地”的外聘站务人员19岁的施姓员工，两者均为游戏基地讨论版线上游戏类的板主，双方均于任职期间轻易取得游戏基地网站内部管理系统的管理者账号及密码，并透过谷歌搜索引擎找寻漏洞。在未经授权就擅自修改个人与特定网友经验值、虚拟币值，于是遭到解职，并由警方处理后续事宜。

除上列事件外，2006年之前亦有发生数次黑客入侵事件。较明显的例子是一部份会员数据库账号密码被盗取，以及不少会员透过信用卡盗刷购物特区贩售游戏商品。大部分均已经由司法单位处理，盗刷游戏商品者有司法处置的纪录。