2017年初，1995年出生的南小亨以1100万元人民币，从新疆天山雪豹转会江苏苏宁；同年7月，江苏苏宁又与新疆足协完成年仅18岁的U20国青队当红球员叶尔凡的转会协议；2017年10月21日，新疆天山雪豹足球俱乐部分别与惠州市青少年足球协会、澳门蒙地卡罗体育会签署合作协议，从2017年冬训开始，新疆天山雪豹队的三个梯队都将在惠州进行冬训。2017年12月底，完成U17梯队的组建。

2018年1月中旬，完成了U13、U14、U15梯队的组建。2018年3月8日，效力于新疆天山雪豹队的马伯康以800万元人民币，加盟河北华夏幸福。雷耶斯在2018赛季下半段加盟中甲球队新疆天山雪豹，为球队出场14次打进四个进球。2018年9月，新疆天山雪豹提前4轮降入了中乙联赛，成为了本赛季首支降级的中甲球队。

2019年1月，顶替浙江毅腾递补获得中甲准入资格。2019年1月2日，与西班牙教练费尔南多·桑切斯·西皮特里亚及教练团队完成签约，费尔南多将担任新疆天山雪豹足球队主教练。6月10日至11日，新疆天山雪豹带着梯队队员走进鄯善县第一中学，吐鲁番高昌区二中，并授予两所学校“新疆天山雪豹足球俱乐部后备人才定点培养基地”。

2019年10月，天山雪豹俱乐部正式成立女子足球队，同期先后与10多所学校签署校园青训合作协议，近百名女足球员经选拔后加入各级梯队。

2020年4月28日，新疆天山雪豹足球俱乐部宣布，受新冠肺炎疫情影响，投资方君泰集团遭遇困难，为保障正常参加2020赛季男足中甲联赛及各项青超赛事，俱乐部决定解散女子足球队。

2020年11月20日，在2020中国足球甲级联赛保级附加赛中点球大战不敌黑龙江FC队，降入下赛季的中国足球协会乙级联赛。

2021年3月29日，根据中国足球协会公告，新疆天山雪豹足球俱乐部递补获得了新赛季的中甲联赛准入资格。

2021年3月30日，新疆天山雪豹足球俱乐部宣布，裴恩才将带队征战新赛季中甲联赛。4月13日，新疆天山雪豹队引进了10名球员，分别是郑一鸣、西热扎提·黑力力、吴航、黄文卓、时间、黄远东、庄佳杰、李京润、林开源、马超。5月10日，2021赛季中甲联赛第四轮，新疆天山雪豹队1比2不敌四川九牛队。

2022年4月，中国足协公布了2022赛季各级职业联赛参赛俱乐部名单，新疆天山雪豹足球俱乐部有限公司参加2022赛季中甲职业联赛。

2022年5月1日，新疆天山雪豹俱乐部官方宣布，与凯维赛尔、佧米然、艾热西丁、努尔艾力、卡哈尔曼、热帕提、阿巴别克、艾散、马伯康、艾合买提、郝世杰、王卓完成签约。6月20日，2022赛季中甲联赛展开第四轮较量，新疆天山雪豹队2比1逆转击败上海嘉定汇龙队。8月4日，据媒体人杜立言消息，足协宣布，对新疆天山雪豹足球俱乐部恢复禁止注册新球员处罚。9月1日夏窗，亚布兰科·约万诺维奇、科阿曼乔·弗兰克、王世鑫、赵学斌、张圣斌、开赛尔·阿布都海尼、哈力木拉提·赛米、达尼亚尔·木沙江、巴力、韩毅、顾俊杰加入新疆天山雪豹一线队。9月24日，中甲第23轮，新疆天山雪豹1-0战胜苏州东吴，终结联赛15连败。

2023年2月21日，新疆天山雪豹俱乐部发布公告表示，拟退出2023赛季中国足协举办的职业足球联赛。2023年3月29日，2023赛季联赛准入名单公布，新疆天山雪豹无缘准入退出职业联赛。

2023年4月6日，中国足球协会网站发布通知，由于新疆天山雪豹足球俱乐部存在欠薪行为且未能解决，决定取消新疆天山雪豹足球俱乐部注册资格。

雪豹是新疆的一个象征，类似于东北虎一样，凶猛、快速的特点将成为球队的灵魂所在。雪豹只有在高峰大山上才有，象征着天山雪豹足球俱乐部终会登上中国足球乃至亚洲足球、世界足球的巅峰。

训练基地有4场11人制足球场，位于乌鲁木齐市水磨沟区雪莲山附近，景色美丽又寂静适合足球训练。

中甲中乙升降级附加赛

2022年8月4日，据媒体人杜立言消息，足协宣布，对新疆天山雪豹足球俱乐部恢复禁止注册新球员处罚。

2023年4月，足协官方发布公告，因欠薪未解决，决定取消新疆天山雪豹足球俱乐部注册资格。