学院1994年经湖南省教委批准设置中西医结合临床医学专业，1998年正式成立中西医结合系，并于2000年增设中西医临床医学七年制本硕连读专业。2003年经国家教育部批准，该校将该专业正式定名为“中西医临床医学专业”，并成立了中西医结合学院。2002年完成中西医结合临床基础科研实验室（蛋白质组学实验室）建设，并通过国家中医药管理局二级中医药科研实验室验收；2003年与学院病理生理实验室、血管生物学实验室重组为“中医病证实验室”，确定为湖南省教育厅重点实验室。