生物工程学院是学院创办最早的主干学院之一，已有30多年历史，为国家培养5000余名毕业生,是国家级和省级高职高专教育教学改革试点单位。建立以来始终以内涵建设为重点，多次被评为学院先进单位，形成了“团结奋进、求实创新”的系风。

生物工程学院现设有畜牧兽医(含宠物方向)、生物制药技术、生物技术及应用（食品营养与安全方向）等专业，现有在籍学生300多人。其中畜牧兽医专业为国家级高职高专教育教学改革试点专业和湖南省精品专业，生物制药技术专业为省级教育教学改革试点专业和学院精品专业。