湖南省中医药研究院前身是创办于1957年3月的湖南中医药研究所，著名中医学家李聪甫任首任所长，后历经几次更名、与湖南中医学院的分合以及所址变迁，1984年省委决定将研究所更名为湖南省中医药研究院， 1985年升格为湖南省人民政府直属的，计划、财政单列的厅局级科研事业单位，国医大师刘祖贻任首任院长。

2002年7月，经湖南省人民政府批准，湖南省中医药研究院与原湖南中医学院（2006年经教育部批准已更名为湖南中医药大学）合并，实现优势互补，强强联合，并实行“一套班子、两块牌子、两个法人、计划财政单列”的管理体制和运行模式。

2021年7月，经中共湖南省委机构编制委员会研究同意确定湖南省中医药研究院为省政府直属公益一类事业单位。