1999年5月召开了第7次会员代表大会，选举产生了第七届理事会。理事会理事67人，常务理事25人。名誉事理长王孝忠，理事长杨始伍，副理事长张硕辅、李建民、詹晓安、雷世达、曹茂华、聂勇，秘书长史晓虹，副秘书长王乐云。

2001年1月七届三次常务理事扩大会议，增补理事会理事3人、常务理事7人。根据工作需要及人事变动，调整了学会秘书长，陈绍金任秘书长、肖昌平任副秘书长。

2004年3月29-30日召开了第8次会员代表大会，选举产生了第八届理事会。理事会理事84人，常务理事32人。名誉理事长王孝忠，理事长甘明辉，副理事长詹晓安、曹茂华、曾涛、刘光跃、白超海、聂勇、林修建、陈绍金，秘书长陈绍金，副秘书长彭松柏。

2006年1月八届三次常务理事会，根据工作需要及人事变动，调整了学会秘书长，李旷云任秘书长。

学会机构健全，组织落实。拥有水利工程管理专委会、水利施工管理专委会、渔业养殖专委会、水文水资源专委会、勘探测量专委会、环境保护专委会、水工设计专委会、防汛减灾专委会、规划计划专委会、水土保持专委会、农田水利专委会、小水电专委会、机电排灌专委会、系统工程专委会、水利信息化专委会和14个市（州）团体会员单位，会员总数达3600余人。各专委会的主任委员和市（州）水利学会理事长大多数由挂靠单位的行政领导担任，并有1-2名热心学会工作的同志兼任专委会的秘书，大大加强了学会的组织工作。

五十多年来，湖南省水利学会在中国水利学会、湖南省科协、湖南省水利厅的领导下，以经济建设为中心，坚持依法办会、民主办会、围绕水利办会、依靠挂靠单位的支持，依靠自身人才、网络优势，卓有成效地开展有学术交流、科普宣传、科技培训等工作，塑造了学会“三服务一加强”鲜明的社会形象，促进了水利事业的发展。自八十年代以来，湖南省水利学会已有14次（年度）荣获湖南省科协颁发的“学会工作先进集体”称号。

——学术活动，百花齐放。学会是时代的产物。湖南省水利学会根据水利建设不同时期的工作需要和自身特点，认真贯彻“百花齐放，百家争鸣”的方针，开展了学术讲座、学术交流、学术研讨等多形式的学术活动，营造了水利行业良好的学术氛围，促进了科学技术的传播和人才的成长。据统计，举办了学术研讨会70次，参加研讨人员5000余人。交流学术论文1400多篇。举办了38次、计4500人参加的学术报告会、学术讲座。最具影响力的学术报告会有：《纽约市水资源和城市供水管理》、《98特大洪水及江湖治理》、《四种水利理论学术论坛》、《科技创新与科教兴国》等。组织撰写并向主管部门推荐评优的学术论文204篇。其中：获得湖南省科协、湖南省人事厅组织的第4、5、6、7、8、9、10、11届自然科学优秀论文奖的85篇（一等奖4篇、二等奖25篇、三等然56篇）。

——科普活动，形式多样。①自1981年以来，学会先后多次举办了国内科技考察活动，组织水利科技工作者分赴香港、澳门、海南、三峡、新疆、大连等地进行科技、经济、环境、水电内容的考察研究。②自1985年以来，几乎每年组织水利青少年学生开展了科技夏令营活动，对青少年学生进行爱国主义、集体主义、现代科技知识教育。③办好“学会通讯”、“湖南水利水电”杂志，已办刊18年，出刊122期，每年发行1.2万册，已成为学会科普宣传、科技论坛的重要阵地。

——科技培训，成效显著。在近10年间，学会及各专委会利用自身的优势，举办了防汛抢险、潜水、计算机、堤防工程设计、水保监督执法、水工结构设计规范、病险大坝治理技术等39期培训班、培训4240余人。为提高队伍的科学素质，作出了积极的努力。

——制度健全，管理规范。为了强化自律工作机制，学会制订了五项制度，即：民主决策制度、重大事项报告制度、接受损赠公示制度、考核奖惩制度和财务管理制度。学会工作有章可循，管理规范。

——创新思维，经营学会。学会普遍存在经费困难，制约学会开展活动问题。要改变这种状态，不能等、靠、要，而是要创新思维，经营学会，充分利用学会的政策优势和人才优势，积极开展学术交流、学术讲座，科技考察、业务培训等形式多样、丰富多彩的活动。热情关心会员，为他们学习和展示才干创造各种机会，使学会真正成为科技工作者之家。