湖州市中级人民法院下辖德清、长兴、安吉、吴兴、南浔5个基层法院及19个人民法庭；内设机构21个：办公室、干部人事处、宣传教育处、机关党委、监察室、立案庭、刑一庭、刑二庭、民一庭、民二庭、民三庭、民四庭、行政庭、审判监督庭、执行局（庭）、执行监督处、审判管理办公室、研究室、司法鉴定处、司法警察支队、司法行政装备管理处。全市法院在编干警共692人，其中，公务员编制641人，事业编制51人，具有法官资格的404人，占63.02%。全市法院干警具有本科以上学历的535人，占77.31%，其中，研究生学历82人，博士研究生1人。35周岁以下青年法官127人，占法官总数的31.44%。

2008年，全市法院收结案数首次突破4万件，2012年首次突破5万件，至2013年收结案双双突破6万件，一线法官人均结案205件，超过全省人均办案数10.4%，是全国平均数的2.4倍。

党组书记、院长：肖国耀

近年来，全市法院紧紧围绕“努力让人民群众在每一个司法案件中都感受到公平正义”的目标，牢牢把握司法为民公正司法主线，全面深化“五项工程”，按照“审判立院、创新强院、管理治院、文化兴院”的工作思路，着力打造审判执行的“精品工程”，积极实施公开透明的“阳光工程”，深入落实惠民利民的“民生工程”，大力推行改革创新的“强院工程”，合力构建公正廉洁的“守护工程”，为全市加快科学发展，建设“四区一市”提供公正高效权威的司法保障。市中院先后荣获全省集体三等功、全省阳光司法优秀法院等荣誉称号，全市法院涌现出全国模范法官“法官妈妈”贾建平、全国优秀法官“水哥法官”沈阿水、“贴心法官”沈金汝等一批先进典型，全市人民法庭在全省率先实现省级“五好法庭”满堂红的基础上，又有7个法庭被省高院授予“模范五好法庭”荣誉称号。

2022年1月，最高人民法院授予湖州市中级人民法院环境资源审判庭“全国法院先进集体”称号。

2023年4月，湖州市中级人民法院被最高人民法院命名为“为群众办实事示范法院”。