大多数是采用铺设防渗膜的方法来做湖底防渗工程，这阻碍了天然地层中地下水的下渗过程，尽管防渗膜并未被证明有毒性，但天然湖底防渗方法显然比铺设防渗膜符合生态要求。在湖底与湖岸边大面积铺设防渗膜虽然能够形成并维持较大的水域景观，能在短期内使水生生物得以恢复，将会对湖底和湖岸边的植物生长产生负面影响。同时，由于在工程建设过程中缺乏有效的保护措施，造成了水生生态系统的严重破坏。因此，大面积铺设防渗膜实现湖底防渗是不科学的，也是不应提倡的（实际工程以圆明园例）。

有专家大胆的提出采用一种叫“防渗阻隔技术”来处理湖底防渗的工艺，这种工艺就是使用一种新型的离子胶结材料直接与土壤进行拌合压实，不再使用防渗膜处理，这种溶液无毒无害无挥发无污染，采用动物蛋白胶质体为主要胶结材料，其原理是其与含有一定水分的土壤混合后，使胶质电离失去表面阳性，并发生一系列物理化学反应，溶液中的高价离子可以改变土壤颗粒表面电荷的特征，降低土壤颗粒间的排斥力，破坏土壤颗粒间的吸附力，使之无法更多余地吸收水份，而且这种电反应是恒久的，不可逆转的，从而使土壤中的含水量达到稳定平衡。这种湖底防渗的工艺不仅能保持湖内的水不被渗漏和流失，更重要的是使用这种技术处理土壤性质更好，湖底、湖岸边都能长草，水质呈弱碱性，保持很好的水体环境，更适合水中生物的生活繁殖，保持一个更生态更环保的人文景观。而且这种湖底防渗的工艺造价远远低于采用防渗膜的方法来做湖底防渗工程，是一个利国利民的好项目，具有显著的经济和环保效应（实际工程以公主湖为例）。