民国28年（1939年），学校开办高中，校址今麻章区湖光岩。

民国34年（1945年）底，更名为中正中学。

民国35年（1946年）秋，更名为私立益智小学。

民国36年（1947年）秋，更名为私立益智中学，开设初中。

1949年秋，开设高中。

民国34年（1945年），学校前身私立志成小学创建。

民国35年（1946年），更名为私立志成中学，校址民享路尾四十间；后更名为正义中学。

民国34年（1945年），学校前身私立益智中学创建。

约民国35年（1946年），更名为中正中学。

1950年，更名为湖光中学。

约1949年，学校创建。

1950年10月，由已在现址的市立一小、正义中学两所学校校长受政府委派接收私立中正中学，亦迁入现址，改名湛江市第二中学。

1951年至1953年，麻斜中学和益智中学先后并入。

1960年，学校被评为湛江市重点中学。

1968年，学校高中部迁往录塘，再迁三岭山，立名湛江市工农学校，先后开办平乐、新场农村分校。

“文化大革命”后，平乐、新场农村分校撤回。

1978年，学校再次被评为湛江市重点中学。

1997年，与湛江海洋大学合办湛江海洋大学附属中学（初中）。

2000年，湛江海洋大学附属中学停招新生；同时，新自办湛江市港城实验中学（初中）。

2005年9月，学校高中部开始搬迁至位于开发区的新校区。

2007年，湛江市港城实验中学并入湛江市第二中学；同年，创办湛江二中港城中学。

2008年5月，学校被评为第一批广东省国家级示范性普通高级中学；同年7月，学校组建湛江二中教育集团。

2015年7月，学校高中部搬迁完成。

2018年9月，学校小学部正式开学。

2021年3月，学校入选广东省中小学劳动教育特色学校。

据2019年8月学校官网显示，学校占地300多亩；截至2015年6月，学校有在校生6000多人。

学校管辖六个校区即新校区（总校）、霞山校区、湛江市二中海东中学、湛江市二中海东小学、湛江二中港城中学（民办）、湛江二中崇文实验学校（民办）。

据2021年5月学校官网显示，学校有在职教职工540多人，专职教师学历全部为本科以上，其中研究生学历近220人，约占专职教师人数的40%；有高级职称教师270多人，正高级教师6位，特级教师3位，国家级优秀教师、南粤教坛新秀、省优秀教师及市名师、学科带头人等中青年骨干教师120人次以上，省市级名师工作室14个，高校兼职副教授（客座教授）3人，12位教师被聘为市教研室兼职教研员，4个科组被评为省优秀科组。

特级教师：刘军、沈祁等

国家级骨干教师：包明等

据2021年5月学校官网显示，学校教室、宿舍、食堂均装有空调，115间教室均配置多媒体教学平台和独立的贮物柜；有两栋实验楼配套物理、化学、生物学科常规实验室和探究实验室；信息馆建有六间多媒体网络教室；图书馆藏书20余万册，每年订购报刊150多种，图书馆阅览室全天（含周末）开放。

据2021年5月学校官网显示，学校建有8栋学生公寓，每间宿舍带独立卫生间和生活阳台，宽约20平米，安排4 至6人入住；学校食堂被评为“广东省食品安全示范学校食堂”“广东省餐饮服务食品安全单位”，上下三层，可同时容纳4000人就餐。

据2021年5月学校官网显示，学校与澳大利亚凯恩斯市圣三一学校、俄罗斯谢乐普霍夫市第十二中学缔为结友好学校，与英国、法国、美国、加拿大、马来西亚、新加坡、越南和中国台北市等地的大学或中学建立良好的文化教育交流关系并开展交流活动；学校还与雷州、四川汶川、贵州荔波、广西巴马等薄弱学校开展对口帮扶支教活动。

2017年，学校学科竞赛获全国二等奖6人，三等奖5人；省一等奖14人，二等奖20人，三等奖19人；市一等奖41人，二等奖56人，三等奖40人；有3个项目荣获省二等奖，1个项目荣获省三等奖。学校学生在湛江市青少年航空模型大赛中，获市一等奖9人次，其中第一名2人；二等奖5人次；三等奖2人次。

2018年1月，学校学生在广东省青少年科技创新大赛中，获省二等奖1人；同年6月，学校学生在2018年全国生物学联赛广东省赛区比赛中，获全国二等奖1人、全国三等奖2人。

2019年3月，学校学生在第34届湛江市青少年科技创新大赛中，获优秀青少年科技创新成果奖11人、优秀科技实践活动奖3人；同年4月，学校学生在2018年湛江市微创新系列活动中，获称号1人。

2017年11月，学校教师在湛江市首届中小学青年教师教学能力大赛中，获一等奖1人。

2018年3月，学校教师在湛江市数学录像课比赛中，获一等奖1人；11月，学校教师在2018年湛江市高中生物实验教师实验操作与创新技能竞赛中，获一等奖1人；同月，学校教师在2018年湛江市高中化学实验教师实验操作与创新技能竞赛中，获二等奖1人；12月，学校教师在广东省中学语文青年教师课堂展示活动中，获二等奖1人。

2019年3月，学校教师在2018年湛江市计算机教育软件评审活动中，获一等奖7人、二等奖13人；同年6月，学校教师在2019年湛江市中小学实验教学说课活动2019年湛江市中小学实验教学说课活动中，获一等奖6人、二等奖5人。

据2021年5月学校官网显示，学校获得全国和谐校园先进学校、国家级田径传统项目学校、中国体育协会员学校（田径、跆拳道、柔道）、全国消防安全教育示范校、全国教育信息化示范单位等国家级荣誉近10项；广东省德育示范校、广东省书香校园、国防教育特色学校、广东省中学示范团校、广东省中小学劳动教育特色学校”等省级荣誉超40项，“湛江市优秀学生社团、五好基层关工委、最佳志愿者服务组织（团队）、平安建设优秀单位”等市级荣誉70余项。

2023年1月，荣获“湛江市热心消防公益事业先进集体”称号。

校徽释义：学校校徽为圆形，由红、白、蓝三色构成，上为红色，中为二道白色，下为蓝色。

校旗释义：校旗由上至下为与校徽颜色一致的红、白、蓝三色旗帜。旗中心为白色部分的左侧为二中校徽，右侧上为单位全称，右侧下为相应的英文。

爱国·敬业·求实·创新

团结·勤奋·严谨·活泼

学校校歌为《振兴中华做栋梁》

据2021年5月学校官网显示，学校有红嘴鸥文学社、NC街舞社、科技协会、寰宇天文社、红嘴鸥文学社、NC街舞社、健美操社等43个学生社团。

据2021年5月学校官网显示，学校开展了艺术节、社团文化节、体育节、田径运动会、科技节等学生活动。