第一代湾仔警署于1868年启用，位于湾仔道与东海旁（即今庄士敦道）的交界，有二号差馆之称。1932年，湾仔刚完成海旁东填海计划，警署被迁到告士打道现址，占地7,500平方米，而当时警署临近海旁，并具有警署、消防车站以及警员宿舍的多重功能。1941年香港保卫战进入尾声时，该署遭到日军严重炮击，到了香港重光后需进行大规模的修葺工程，才能恢复运作。

1992年，古物古迹办事处将湾仔警署评定为第三级历史建筑。1999年，民政事务局曾表示政府有意将其改建为特色餐厅。2000年，保安局表示会在未来将湾仔警署交回政府。2007年，警务处表示计划于2010年迁出。

政府计划于上环中港道（即海傍警署周边）兴建新的中区警区总部及中区分区警署 (见中区警区总部及中区警署)，并与海傍警区合并，工程耗资2亿4320万港元，预计2009年11月落成。中区总部及中区分区警署迁出警政大楼后，原设于湾仔警署的湾仔警区总部及湾仔分区警署将会迁入。对于湾仔警署原址的发展用途，民政事务局曾于1999年表示，政府不会拆卸警署，计划把它改建为特色餐厅，毗邻的已婚警察宿舍则用作商业用途。发展局则表示湾仔警署土地用途暂未有定案。湾仔区议会于2006年3月21日第二届第十五次会议，在会议上有区议员动议保留湾仔警署，并获得通过。