源休，相州临漳（今河北省临漳县）人。京兆尹源光舆之子，宰相源乾曜同宗。天宝年间入仕。因有办事的才干器局，累授监察御史、殿中侍御史、青苗使判官，迁虞部员外郎。

唐肃宗上元二年（761年）春出为潭州刺史，秋季离任，与族人元结（同为拓跋姓之后）同为尚书郎，同在荆南节度使吕諲幕府。后源休入京，为主客郎中，迁升给事中、御史中丞、左庶子。其妻是吏部侍郎王翊之女，夫妇因小忿而离婚，妻族上诉，下御史台审理，源休迟迟不回应，被除名，发配流放到溱州。之后改流放岳州。

建中三年（782年）五月，源休到达振武军，正逢军使张光晟杀死回纥酋长也是武义可汗的叔父突董等，唐德宗起初想断绝使者往来，令源休回，源休待命于太原，久后才再遣他出使，并令他归还突董、翳密施、大小梅录等四人尸首。尸体送到后，武义可汗令宰相以下准备彩服车马来迎，宰相颉于思迦坐在大帐中，让源休等在帐外雪中站立，诘问杀突董等人的原因。源休说：“突董等是与张光晟忿斗而死的，非天子之命。”又问：“使者背叛唐国，负罪当死，我们不能杀吗？不然，为什么假借我之手杀他们？”多有回纥人要杀源休，言辞很悖慢，颉于思迦带走了他，供给的粮食很少，留了他五十余日，他才得以回去。可汗派人对源休说：“我国人都想杀你，唯有我不然。汝国已杀突董等，我又杀你，是用血洗血，扩大污渍。我现在以水洗血，不也好吗！欠我的抵偿马价的绢一百八十万匹，应该速度归还我。”派散支将军康赤心等随源休回朝朝见，源休终究不能见可汗。六月，源休和康赤心到长安。不久唐朝遣康赤心等归国，给帛十万匹、金银十万两，抵偿马价。源休身临险境而还，宰相卢杞又怕源休面圣复命之日以辩才得到皇帝恩宠，在源休将到太原时，急忙奏请除授源休为光禄卿。源休因赏赐太少，心里常对朝廷怀怨。