《鹿丸秘传》主要讲忍界大战已经过去了两年，鹿丸作为木叶忍村的重要人物之一，每天都过得十分匆忙。突然有一天，密报传来：各地忍者大量失踪，就连祭也消失了，消失的忍者们似乎都已去往神秘的帝国“默之国”，之后鹿丸执行秘密任务，前去调查...作为忍者，作为成人，为了守护背负之物，鹿丸将与新时代的暗影展开激战。