在马六甲王国的发展方向上，它选择了伊斯兰文化，而没有像越南采用中国传统的儒家立国思想。

特别是从1445年起，马六甲王朝的第4代国王，穆扎法尔·沙继承王位后，采用穆斯林君主的尊号“苏丹”，奉伊斯兰教为国教。穆扎法尔·沙，原名罗阇·卡希姆，中国《明史》译作速鲁檀无答佛哪沙。1446年他正式登上王位，自称苏丹，他是马六甲第一个采用苏丹称号的国王。他在位时，伊斯兰教沿着苏门答腊和爪哇各港口迅速传播开来。

这位马六甲的第四位君主，在执政后，拒绝向信奉印度教的暹罗继续纳贡，1446-1447年马六甲军队先后两次从海陆击败暹罗军队的入侵，从此暹罗欲征服马六甲的企图暂时中止。他加强军队建设，扩充舰队，控制了马六甲的海岸，并派兵从西北攫取雪兰莪作为粮食基地，又控制了苏门答腊海岸的战略要冲，成为该地区的霸主。

在贸易上，当郑和大船队绝迹于亚洲海域之后，马六甲充分运用了明王朝建立起的贸易网络。卡希姆努力使马六甲成为中国、印度和阿拉伯商人之间的重要贸易桥梁。他铸造统一的阿拉伯文锡币，正面为“苏丹穆扎法尔·沙”，背面为“宇宙与伊斯兰教之救主”。

当1459年这位国王去世时，马六甲迎来了它鼎盛的时代。

马六甲在16世纪大航海时代兴起前，成为东亚不折不扣的海洋城市。每年吸引好几百艘船只顺着季风前来贸易，中国人、印度人、阿拉伯人、欧洲人挤满了港口。从中国来的樟脑、丝绸以及陶瓷，从印度来的织品，菲律宾蔗糖，摩鹿加群岛的檀香、丁香、豆蔻等香料，苏门答腊的金子以及胡椒，婆罗州的樟脑，帝汶的檀香，以及马来西亚西部所盛产的锡，统统汇集到马六甲，再转运到世界各地，马六甲俨然是当时商品的全球集散中心。

当马六甲一跃成为地方霸主之时，明朝廷采取了严厉的海禁政策，不仅停止政府庞大船队出海的计划，而且严厉制裁私自到东南亚等地的中国贸易商人。当明帝国自动放弃海洋，放弃马六甲海峡的控制权之时，马六甲王国逐渐摆脱明帝国影响之时，西方殖民势力已经来到家门口，传统的伊斯兰王国已埋下灭亡的种子，中国真正退出马六甲海峡的时代即将来临。

我们很难想象在历史上的欧洲，香料曾经多么珍贵，多么让人魂牵梦萦，甚至无数人为其失去生命。这使得西班牙人，葡萄牙人，英国人，荷兰人，法国人非常希望能够找到一条新的航线到达香料群岛。

15世纪起，葡萄牙走在了向东方前进的前列。马六甲是他们前进东亚最繁荣国家——中国——最近的桥头堡。

16世纪初终，盛极一时的马六甲海峡，很快引起了西方新兴海权国家的觊觎，葡萄牙、西班牙、荷兰、英国相继来到马六甲。

此时，葡人的脚步已来到印度洋，并准备染指马六甲。第一任葡属印度总督阿尔梅达虽然在印度洋开创了局面，但他的政策仅将葡萄牙人的活动局限于印度洋沿岸。第二任葡属印度总督阿尔布克尔克改变了阿尔梅达的保守政策，他设计了把穆斯林从香料运输中完全排挤出去、控制3500英里印度洋的宏伟计划。

1509年，葡萄牙人曾经到达过马六甲，受到了当地人的猛烈袭击，他们撤退了。但这场战争，让葡人认识到要占领马六甲，控制马六甲海峡入海口，必须从军事上先占领马六甲河上的大桥。这是马六甲城的咽喉之地。

1511年7月1日，阿尔布克尔克率领一支由18艘舰船、1200名葡萄牙士兵及200多名马尔巴拉援兵组成的舰队到达马六甲，提出了释放战俘、赔偿以及割让一块土地来修建要塞的要求。当时的马六甲是一个10万人的城市，由3万马来人和爪哇人守卫着，双方兵力悬殊，因此当地苏丹拒绝了葡萄牙人的要求。7月24日，葡萄牙人发动了第一次攻击，由于没掌握潮水的关系，葡舰船无法进入河道，只好等待潮水的涨起。而马六甲苏丹组织了强大的抵抗，迫使阿尔布克尔克下令撤退。

8月10日阿尔布克尔克又组织了进行了第二次攻击，成功占领了大桥，接下来他们又占领面向马六甲河、依山建立的马六甲王宫与清真寺。苏丹及其王子派出20头大象企图阻上葡人的攻势。

黑夜降临后，葡人终于占领了大桥两侧的制高点。

8月24日，沿着街道，葡兵并排清除来自各方的零星抵抗。马六甲苏丹见大势远去，黯然丢下富甲一方的马六甲城，马六甲围城战以葡萄牙人的胜利告终。苏丹玛（马哈茂德沙阿）率领残余退到巴莪从事复国的运动，但在1515年败绩于暹罗河之战，1525年又败绩于林加群岛之战，在1526年的宾坦岛之战中，其重要据点宾坦岛（民丹岛）也被葡萄牙攻陷，他的后裔偏安柔佛，建立了柔佛王国，继续马六甲的王统。

攻陷马六甲城时，阿尔布克尔克下达了抢掠的命令。抢掠行动持续了一整天，珍宝数以万计，几乎是马六甲王国三分之二的财富。攻占了马六甲的葡人，照例进行了屠城。

马六甲城沦陷了，立国110多年的东南亚王国灭亡了。