战争初期，燕军在军事、政治、经济上均处于劣势，故其战略为；巩固北平根据地，利用内线作战的有利条件，迅速变被动为主动，求得各个击破。七月初五日，朱棣击败朱允炆部，署在北平的军队以后，连克通州(今北京通县)、蓟州(今天津蓟县)、遵化、密云、居庸关、怀来、开平 龙门等地，从而巩固了北平根据地，为南下进攻打下了基础。而此时，朱允炆凭借其军事、政治、经济上的优势，集中强大兵力，分进合击，欲迅速将燕军包围于北平地区而歼灭之。七月二十四日，以长兴侯耿炳文为大将军，驸马都尉李坚、都督甯忠为左右副将军，率师北伐，命山东、河南、山西3地供给军饷。八月十二日，耿炳文率军30万人进驻真定(今河北正定)，都督徐凯领兵10万人扎营河间(今属河北)，都督潘忠驻莫州(今河北任丘)，都督杨松率军9000人为先锋扼雄县。朱棣乘北伐军部署未定，率军主动出击。八月十五日夜，攻破雄县，杨松全军覆没。继而伏击潘忠援军，大败其众。二十五日，燕军直捣真定，败耿炳文军于滹沱河，斩首3万余级，余众入城坚守，燕军攻城3日不克，弃围北还(参见真定之战)。八月底，朱允炆以曹国公李景隆代耿炳文为大将军，率军50万人进驻河间，再图北伐，并令江阴侯吴高等围攻水平(今河北卢龙)(参见北平之战)。九月初五日，朱棣为诱使李景隆深入并解水平之围，留少数兵力防守北平，自率主力往援水平。吴高不战而走，燕师连下水平、山海关，进取大宁(今内蒙古宁城)，收并宁王所部及朵颜三卫之军。李景隆获悉朱棣北攻大宁，遂率师围攻北平，不料遭到守城燕师的顽强抵抗。十一月初四日，朱棣回师北平，与留守部队配合作战，内外夹击，大败李景隆军于郑村坝(今北京东20里)，毙伤10余万人(参见郑村坝之战)。李景隆退还德州，整伤兵备，准备明春大举进攻。