嘉靖四十五年（1566年），割龙溪、漳浦县地置海澄县。同年，延平府节爱县地区改名大田县。

隆庆元年（1567年），析龙岩并延平府永安、大田三县地置宁洋县。

万历三年（1575年），割潮州府饶平县信宁都南澳岛的青澳、雲澳来属诏安县，南澳岛分属福建，广东。设南澳副总兵，即“协守漳潮等处驻南澳副总兵”，分广东、福建两营，后南澳镇在民国三年（1914年）升格为县。

清初漳州府治龙溪县。辖：龙岩县、宁洋县、漳平县、龙溪县、海澄县、长泰县、南靖县、平和县、漳浦县、诏安县，共10县。

此时，府境与四府十县接壤：泉州府三县（同安县、安溪县、永春县）、延平府两县（大田县、永安县）、汀州府三县（连城县、上杭县、永定县）、潮州府两县（大埔县、饶平县）。

南明隆武二年及清顺治三年（1646年），郑芝龙降清。同年，置福建分巡漳南道，领汀州、漳州二府，道治驻汀州府上杭县。又置福建分守漳南道，领汀州、漳州二府，道治驻漳州府城。

康熙元年（1662年），置福建水师提督军门，统辖全省水师镇营，提督总兵官驻海澄县。同年，裁福建分巡漳南道。

康熙六年（1667年）裁福建分守漳南道。

康熙七年（1668年）裁福建水师提督军门。

康熙十年（1671年），置福建分巡巡海汀漳道，领汀州、漳州二府，道治驻漳州府城。

康熙十七年（1678年），复置福建水师提督军门。福建提督军门改为福建陆路提督军门。同年，置福建分守汀漳道。

康熙十九年（1680年），清军攻占泉州府同安县金门岛、厦门岛，水师提督总兵官由海澄县改驻厦门岛。

康熙二十一年（1682年）裁福建分守汀漳道。

康熙二十四年（1685年）升设南澳总兵，管辖闽南、台湾、粤东海域军事，直到1914年，南澳全岛才划给广东。

康熙二十五年（1686年）裁清军同知。

雍正十年（1732年），以广东潮州府饶平、福建漳州府诏安两县分别持有之南澳岛诸澳合置南澳厅，由潮州府、漳州府共管，设南澳同知一员，驻南澳岛。

雍正十一年（1733年）割漳浦县二十三都八图（镇海卫一带）属海澄县。

雍正十二年（1734年），升龙岩县为龙岩直隶州，划漳平县并宁洋县归龙岩直隶州管辖，漳州府辖境缩小，只相当今福建省九龙江中、下游流域及其西南地区。福建分巡巡海汀漳道改为福建分巡巡海汀漳龙道，增领龙岩直隶州。同年，划漳浦县六都之铜山保（东山岛东北角）属诏安县，漳浦县丞由县城改驻雲霄城。

雍正十三年（1735年），划南靖县车田总十五保及平和县下林保属漳浦县。同年，海防同知由漳州府城改驻平和县南胜。

乾隆八年（1743年），粮捕通判由漳州府城改驻龙溪县石码。

乾隆十一年（1746年），龙溪县丞由县城改驻华崶。

乾隆三十二年（1767年），福建分巡巡海汀漳龙道改为福建分巡巡海汀漳龙兵备道。

乾隆五十四年（1789年），海防同知改为粮捕同知，粮捕通判改为海防通判。

嘉庆二年（1797年），粮捕同知由平和县南胜改驻漳浦县雲霄城。

嘉庆三年（1798年），漳浦县丞由雲霄城改驻车田，又移海澄县丞驻平和县南胜。同年，析平和、漳浦、诏安三县地置雲霄厅。至此，漳州府辖七县（龙溪、海澄、长泰、南靖、平和、漳浦、诏安）及二散厅（雲霄、南澳）。

道光十一年（1831年），漳浦县丞由车田改驻佛昙桥。

民国二年（1913年）废。

根据两岸的谱牒、明清墓葬资料，旧时渡海到台湾开发的福建漳州府南靖、龙溪、平和、漳浦、诏安、海澄、长泰七县诸姓如下：林、陈、黄、张、吴、李、杨、郑、王、蔡、赖、许、叶、谢、刘、卢、朱、郭、曾、沈、何、江、徐、周、游、罗、吕、洪、庄、阮、萧、简、魏、苏、余、方、邱、石、冯、廖、蓝、高、田、康、锺、赵、柯、翁、柳、戴、潘、马、汤、施、韩、颜、官、詹、严、邹、程、甘、孙、梁、温、董、薛、涂、巫、童、阙、欧、范、曹、宋、汪、胡、傅、陆、连、邓、姜、金、毛、孔、昌、丁、蒋、姚、倪、麦、商、蒲、纪、辜、卓、韦、包、谌、俞、杜、骆、龚、钟、欧阳，多达105姓。

参见漳州古城

漳州府文进士明代三百馀人，清代一百馀人，合计四百馀人。

其中

漳州志书最初于北宋大中祥符四年（1011年）编撰。现存最早的一部《漳州府志》是明朝正德七年（1512年）漳州知府陈洪谟修，莆田进士周瑛纂。

漳州府：冲，繁，疲，难。汀漳龙道。漳州总兵驻。明，领县十。清初因之。雍正十二年，升龙巖为直隶州。漳平、宁洋割隶。嘉庆元年，析平和、诏安地增置云霄□。东北距省治六百八十里。广二百七十里，袤二百九十里。北极高二十四度三十二分。京师偏东一度二十分。领县七，□一。

龙溪冲，繁，疲，难。倚。城西北隅：登高山。北：天柱。西北：九龙。南：名第。东：文山。东南：龙漈。西：天宝。九龙江西北上承漳平九龙溪入，迳涵口，又南为华崶溪。又东南，左合石兀山水，迳下漳，左纳高层溪，右三脚灶水，入为汰溪。碧溪至香洲渡，左纳龙津溪为郭溪，又东为柳营江。南门溪上承南靖大溪入为梅溪，支津入城。又东，合龙漈山水，至三*河歧为石码港，又东北来会，为福河。又东为锦江，过许茂乌礁歧为二，分出二洲间，并入海澄，与南溪合入海。通判驻石码。镇四：东关外、木屐、石尾、玉洲。驿三：江东、甘棠、丹霞。有新岱巡司。九龙、柳营江二废司。

海澄难。府东南五十里。雍正十一年割漳浦之镇海卫来隶。西南：儒山。北：文圃。南：席帽。东：吴养。西南：侯山。东南：鹿石。东、南、北际海。北自同安迤西南为浮宫港。南溪，西南上承南靖马坪溪，缘界为马口溪，又东南为倒港，歧为二：一东北迳白水营北入；一东北迳城南，复歧为二，一东夹洲入，一北迳城西而北为普贤港，迳沈屿为卢沈港，会龙溪、石码港、锦江，又东过恒溪、玉枕二洲，迳胡使二屿、圭屿与海沧港，达同安鼓浪屿入焉。镇四：镇海、浯屿、海沧、海门。海门、濠门、岛美三废巡司。

南靖繁，疲。府西四十里。南：林壁山、西天山、独坐。东北：巖仓岭。东：峡口。西南：麒麟。西北：朝天岭。城南双溪二源：大溪亦西溪，西南自和平入，为高港，西北迳长窑墟，折东北为小溪口，左纳博平岭水，折东南为鲤鱼溪、船场溪，合象溪，纳琯溪，至旗尾渡；小溪亦东溪，西北自漳平入为员沙溪，又南合沄水、阬水，折东合鹅髻山水，又南迳金山北，出涌口至太监岭，西合涵溪，折东，左纳苦竹村水，又南来会，为双溪口。折东，迳城南，为湖山溪，又东南为峡口溪，又东入龙溪。马坪溪自平和缘界合老灶山水，又北，东入漳浦。龙祭陂溉田三千馀亩。巡司二：和溪、永丰。又九龙砦废司。驿一：平南。

漳浦冲，繁，难。府南百二十里。城北：罗山。南：梁山，西麓盘陀岭。西南：将军。东：海云。东北：太武。东南：良山。东南际海。自海澄迤西南为井尾澳，黄女江入。又南将军澳。迤西虎头山，山北六鼇废所。又西竹屿、浮头港。李澳川西北上承平和五寨溪入，右合崎溪，又东南为秦河，又东南迳龙头保入，又西南为古雷城，至云霄□界。其北杜浔溪入。南溪上承南靖马坪溪，缘界合小溪，又东迳大帽山北入海澄。县丞驻佛昙。镇一：杜浔。驿二：临漳、盘陀岭。

平和冲，繁。府西南二百里。东北：长卢山。东：九牙。南：天马。西北：象湖。东南：大□夆，四溪出焉。曰河头溪，西会官寮山水为合溪、粗溪，又西迳楼宅山，至城南。又西，右合大芦溪，入广东大埔，注清远河。曰高山溪，东北，左会小坪山水，右合南胜溪。又东北为琯溪，左合高溪、碧微溪，右九团溪，又东北入南靖。曰河上溪，东南会白石山水为三合溪，又东南合佛几岭水，入云霄□。曰徐阬溪，西南会陈溪、天马山水，又南，左合下陂溪、马溪入诏安。东南五寨溪，东入漳浦为李澳川。高港溪东北入南靖为大溪。南靖故城，县丞驻。镇二：南胜、庵後。有琯溪巡司。

诏安冲，繁。府西南二百五十里。城西：良峰山。西北：金鸡。北：乌山。东：奇山。东南：川陵。东南际海。自云霄□迤西南为铜山废所，东北与古雷城直为石城屿。其西渐山、八尺门汛。其间後澳港、大陂溪合梅洲溪入，有金石废司。其南南浦，又西南宫前，迤西北悬钟废所。东溪东北上承平和徐阬溪，合下陂溪，又南，右合白叶洞水，又东南合赤溪，迳城东园林歧为二，一自东沈村循甲州而东，一自奥雅头右合磁窑溪，迳牛姆礁，入於海。南南澳，总兵驻。又西至广东饶平界。新陂溉二千馀亩。镇九：悬钟、云澳、青澳、西炮台、草寮尾、红花岭、分水关及铜林之後林村、宫前村。铜山场大使。漳潮巡司。驿二：南诏、大碑塘。长泰简。府东北三十八里。西北：良冈山。北：董峰。东：天柱、蜈蚣。东北：内方。龙津溪出东北林口隘，东南，左合芹果溪，又南左合白桐山水，右歧为巖溪，注高层溪，入龙溪。又南，左合马洋溪、可□溪，折西迳城南，又西南迳鼎山北入龙溪。有朝天岭废巡司。

云霄□中。府西南百六十里。嘉庆三年，析平和、诏安置。东：大臣山。南：马山。西：将军。西南：直武崎。西北：呈奇岭。东南际海。自漳浦迤西南，杜浔港入。又西，西林溪，西北上承平和白石溪入□北，又南迳大田，左合岭脚水，右纳龙头水，又南迳为西林溪，右合将军山水，侧城东南，右合御史岭水，与杜浔港达於漳江。陈岱港出城东南盘石，东南流，迳八尺门，入於海。石蛇尾、梅州二镇。