大历十年(775，38岁)往苏州从天台宗学者荆溪湛然学天台止观及《法华》、《维摩》等经疏。又走谒牛头慧忠、径山道钦及洛阳无名，谘决南宗的禅法。更从禅僧慧云，探习北宗的禅理。他一方面广学律、禅、三论、天台、华严各宗的教义；一方面还研究佛教以外的各种学问。如《释氏稽古略》卷三中说：“以至翻习经传子史，小学苍雅，天竺悉昙，诸部异执，四韦五明，秘咒仪轨，篇颂书踪，一皆博综”。

大历十一年（776年），历游五台、峨眉诸山后，仍回五台，驻锡大华严寺，专行方等忏法。同时应寺主贤林之请，讲《华严经》。在讲经中，深感《华严》旧疏文繁义约，令人难解，发愿撰作新疏。从兴元元年（784年）正月开始，到贞元三年（787年）十二月，历时4年，撰成《华严经疏》二十卷，并在本寺及崇福寺一再讲演。又为弟子僧睿等作新疏的演义数十卷，即《十方广佛华严经随疏演义钞》（后世把疏、钞合刊，略称《华严经疏钞》），因此有“华严疏主”之称。

德宗兴元元年(784，47岁)正月，澄观法师“因慨华严旧疏文繁义约”，遂为《华严经》作疏，到贞元三年(787，50岁)十二月功毕，历时四年，撰成《华严经疏》二十卷，即是现行的《大方广佛华严经疏》。如《宋高僧传》中所说：“起兴元元年正月，贞元三年十二月毕功，成二十轴”。

贞元四年（788，51岁），应贤林之请，在五台山大华严寺讲新著的《大方广佛华严经疏》。

贞元七年（791，54岁），应河东节度使李自良的邀请，到太原府崇福寺讲《华严经疏》。

贞元十二年（796年），奉诏入京，协助厨宾三藏般若翻译南印度鸟荼国王所进的《华严经》后分梵本。

贞元十四年（798，61岁），《华严》后分译成，共四十卷，世称《四十华严》。诏令他作疏解释，于是在终南山草堂寺撰成《贞元新译华严经疏》(又作《华严经行愿品疏》或《普贤行愿品疏》)十卷。

贞元十五年（799，其年62岁），德宗诏授“镇国大师”号，进天下大僧录。此依《佛祖历代通载》卷十四：“十五年，清凉受镇国大师号，进加天下大僧录。”是年德宗生日，从终南山云华寺迎入宫内讲《华严经》，赐澄观“清凉国师”号。(此说依《释门正统》) 不久又参与翻译《守护国界主陀罗尼经》，担任证义。

唐宪宗元和五年（810，其年73岁），诏澄观入宫内谈法，敕令铸造金印，号“僧统清凉国师”，统领天下僧众。此说亦依《释门正统》。

开成元年（836，其年99岁），文宗加封澄观为“大统国师”。此说依《释氏稽古略》卷三：“清凉国师澄观入寂，寿一百二岁，腊八十三，加‘大统国师’，帝谓以祖圣宗仰，特辍朝三日。”

开成三年三月六日（838年），圆寂，世寿102岁（依据《隆兴佛教编年通论》卷二十五“本传”）。葬终南石室，塔名“妙觉”。裴相国铭：“寿一百二，腊八十三，身长九尺四寸，垂手过膝，夜目发光，昼仍不瞬。才供二笔，日记万言，尽形一食，宿不离衣，历乎九朝，为七帝师。”

澄观大师一生，身历九朝，先后为七帝（代宗、德宗、顺宗、宪宗、穆宗、敬宗、文宗）讲经，为七帝门师，受赐的封号有“教授和尚”、“镇国大师”、“清凉国师”、“僧统清凉国师”、 “大统国师”等，一生备极尊荣。

澄观法师佛学思想的特点是祖述师说，中兴《华严》。

澄观早年曾广泛参学禅教名家，对《大乘起信论》领悟较深。他是在这基础上来发扬华严学说的。所以他的佛学思想中杂有禅宗、天台宗、《起信论》的成分，从而融会禅教，强调唯心，着重于一心法界的论述。他认为“总该万有，即是一心；心融万有，便成四法界”。所以立一心法界缘起说，以发扬华严性起的教义。

在澄观法师之前，法藏弟子慧苑在其所著《华严经略疏刊定记》中纂改法藏的“十玄”宗义，作德相、业用两重十玄说。经澄观在《大方广佛华严经疏》卷二及《随疏演义钞》卷1、2、10中加以反驳，针锋相对，显正抑偏，从而恢复了法藏《华严探玄记》的十玄说，并加以发挥。又慧苑认为法藏的五教判是受了天台四教的影响（即在四教的基础上，只加了一个顿教），因而另立了迷真异执、真一分半、真一分满、真具分满的四教。澄观在《华严经疏钞》中，对慧苑的四教说力斥其妄，赞扬法藏的“五教”义，更具体地以南北禅宗作为顿教（见《随疏演义钞》卷8）。

因为澄观法师所处的时代，正是六祖惠能下南岳怀让、青原行思、荷泽神会大弘南禅宗时期。他早年又曾参访南阳慧忠、道钦、荷泽门下的无名，还请益过北宗系的慧云等，他受禅宗思想影响很大。为此他极力融会禅教，在《随疏演义钞》卷2叙述他的体会说：“造解成观，即事即行，口谈其言，心诣其理，用以心传心之旨，开示诸佛所证之门。会南北二宗之禅门，摄台（天台）、衡（南岳）三观之玄趣。使教合忘言之旨，心同诸佛之心。”在此书卷一中写道：“若论（一作依）交彻，亦合言即圣心而见凡心，如湿中见波。故如来不断性恶，又佛心中有众生等”。这是他在解释华严宗理事无碍、真妄交彻的教义上采用天台宗性恶说的实例。另外在《华严经疏》卷21里说：“无尽即是无别之相。应云：‘心佛众生体性皆无尽’，以妄体本真故缘无尽，是以如来不断性恶，亦即由阐提不断性善”。可见他融会诸宗，禅教一致的旨趣。以后由他的弟子宗密继承和发挥，中国佛学思想影响广泛。

澄观法师有弟子一百余人，著名的为圭峰宗密、东都僧睿、海印法印和寂光等四人，称为“澄门四哲”。继承他的法统的是宗密，被尊为华严宗五祖，世称“圭峰大师”。

澄观著作等身，共撰《华严经疏》400余卷，一生讲《华严经》达50遍。他的著述存有《大方广佛华严经疏》60卷，《大方广佛华严经随疏演义钞》90卷、《华严经行愿品疏》10卷、《大华严经略策》1卷、《新译华严经七处九会颂释章》1卷、《华严经入法界品十八问答》1卷、《三圣圆融观门》1卷、《华严法界玄镜》2卷、《五蕴观》1卷、《华严心要法门》1卷、《华严经纲要》3卷等。已佚的有《十二因缘观》1卷等。

华严经疏钞

《华严经疏钞》80卷，是澄观法师的重要著作。他于兴元元年到贞元三年（784年—787年）间撰《大方广佛华严经疏》（简称《大经疏》）20卷，解释唐译经文，以后又为僧睿等撰《大方广佛华严经随疏演义钞》（略称《演义钞》），解释疏文。《疏》、《钞》原来别行，到了宋代，也就是1011年—1088年的晋水净源才录疏以配经，编为120卷，称为《华严经疏注》。后人更会钞入疏，称为《华严经疏钞》。

80卷《华严》是武则天证圣元年（695年）译出的，法藏即撰《新译华严经略疏》，但写到第十九卷就圆寂，由弟子慧苑继承遗志，编成《续华严略疏刊定记》，但《刊定记》所说与法藏原意相左。其不同点是：1、慧苑依《究竟一乘宝性论》立四种教，而法藏是五教教判；2、慧苑立德相、业用两重十玄，而法藏则是一重十玄说。这就引起争论。澄观的《大疏》与《演义钞》，就是为破斥慧苑异说，恢复法藏大义而作的。

《大疏》立十门解释经文，《演义钞》分四段解释疏文。《大疏》十门是：1、教起因缘，认为佛说《华严经》的缘由在因及缘二方面各有十义。2、藏教所摄，《华严经》在经律论三藏中属经藏摄，于声闻、菩萨二藏中属菩萨藏摄。在小、始、终、顿、圆五教中，为圆教所摄。3、义理分齐，《华严》圆教乃是别教一乘，由所依体事，摄归真实，理事无碍，周遍含容（即事事无碍）四个十门以显无尽。这周遍含容十门是：同时具足相应门、广狭自在无碍门、一多相容不同门、诸法相即自在门、秘密隐显俱成门、微细相容安立门、因陀罗网境界门、托事显法生解门、十世隔法异成门、主伴圆融俱德门。此即依《华严教章》及《华严探玄记》的十玄门而立。4、教所被机，《华严》所被，有五类机根，其中第一类一乘圆机，正是《华严》教摄。5、教体湛深，略有音声言语、名句文身，通取声、名、句、文四法，有事事无碍、海印炳现等十门，此后二门为《华严》所宗。6、宗趣通别，阐述昙隐所立因缘、假名、不真、不实四宗。7、部类品会，有彰本部、显品会、明支类、辨释四门。8、传译感通。9、总摄名趣。10、别解文义。流通分则解释全经的七处九会。

《演义钞》的四段是：1、总序名意，解释疏序的文意；2、归敬请假，演译《大疏·归敬偈》的文意；3、开章释文，说《大疏》开十门以释经义；4、谦赞回向，说《大疏》最后的《回向偈》。

宋净源录疏注经以后，明世宗嘉靖年间（1522年—1566年），有妙明厘经入疏，厘疏入钞，成《华严经疏钞会本》，刻版流通，版存杭州昭庆寺，世称“昭庆本”。但真可弟子道开在神宗万历年间（1573年—1619年）撰《藏逸经书标目》评斥此本说：“起止配合，率多牵强”。到熹宗天启年间（1621年—1627年），嘉兴叶祺胤，即以《南藏》别行本，校订昭庆本重刻。清乾隆版大藏经及金陵刻经处的刊本，均以此本为底本，由于原来删节不全，会合不当，因此以讹传讹，错误百出。1919年，徐蔚如与印光大师曾将唐贞元刻本《华严经刻本》交扬州江北刻经处刻印，并从日本求得科文10卷本。1937年徐蔚如逝世，由李圆净、蒋维乔、黄幼希等继承遗志，在上海成立华严经疏钞编印会，由华严座主应慈法师任理事长，叶恭绰、蒋维乔任副理事长，黄幼希、李圆净主持其事。1944年春全书完成，印刷500部，每部40期，使三百年来《华严经疏钞》，得以恢复澄观原本，对华严教义研究提供重要参考资料。