2016年3月，中国在澜湄合作首次领导人会议上提出设立澜湄合作专项基金，在5年内提供3亿美元支持六国提出的中小型合作项目。

2017年1月5日，中缅签署澜湄合作首批项目协议，中方资助缅方开展包括湄公河缅甸万崩港扩建可行性研究、水稻良种培育及优化种植、咖啡产量和质量提升、农村发展和蔬菜栽培技术转移、水果与蔬菜安全优质种植技术、推广家庭园艺技术促进减贫、青年文化交流以及遗产保护等10个项目。

2018年1月，中缅双方首次签署澜湄合作专项基金缅方项目协议，就第一批10个项目向缅方提供资金支持。

2019年1月23日，中国和缅甸双方代表在内比都签署澜湄合作专项基金缅方项目协议，中方将对涉及农业、教育等领域的19个中小型项目向缅方提供支持。