作为英国国王的全权代表，澳大利亚总督在法理上拥有很大的权利。宪法赋予他国家的最高行政权。他也是三军统帅，可以制定和取消法令，并且有权任命和罢免议会，各部部长和总理。但是，按照英国的西敏制传统惯例，总督一般不干涉行政，并按照总理的建议行使权力。

同样，法理上总督由总理提名，而由君主任命。但自从英国在1930年代确认了各自治领地独立地位以后，君主就没有拒绝过澳大利亚总理的提名。同样的，在总督任命的问题上，君主只遵循澳大利亚总理的意见，而不考虑英国首相和议会的建议。实际上，总督的任命和罢免都掌握在澳大利亚总理手中。

这些法理上的和惯例上的矛盾有时会造成争议。在1975年的宪政危机中，总督约翰·克尔以总理无法将预算案通过参议院为由，解散了爱德华·高夫·惠特拉姆任总理的政府。当时，伊丽莎白·亚历山德拉·玛丽·温莎女王决定不予干涉，宪政危机必须由澳大利亚自行解决。约翰·克尔的举动此后一直被争议。反对者认为法律上，按照西敏制的惯例，总督不应解散在众议院拥有多数支持的政府。政治上，反对者认为一个非民选的总督不应有权解散由人民选出的政府。