创立于1954年，由一群著名的澳洲学者依据皇家特许（Royal Charter）所创立，创办成员包含多位英国皇家学会会员。由澳大利亚国立大学（ANU）Mark Oliphant教授担任创院院长。

其主建筑物（The Shine Dome）座落在澳大利亚首都领地堪培拉的澳大利亚国立大学（ANU）校园旁，是当地的知名地标之一。

2023年5月，2023年澳大利亚科学院新晋院士名单公布，20位来自各领域的科学家们当选澳大利亚科学院院士，其中有五位华人科学家入选新院士名单。