明末清初焚毁，清初寺僧如幻法师（著有《瘦松集》传世）、状元黄培松、刑部尚书黄弥沤及华侨、乡人等募捐重修，改称灵应寺。后又几度修葺扩建，清末定眉和尚出力最多。文革中颓废，文革后重新修建。灵应寺也迎来他的鼎盛时期。文人墨客，四方善信，遁声而来，1941年弘一法师曾驻锡此寺，闭门著述，研究佛经。如幻、定眉、静慧、广净等和尚也都住持过该寺，均有建树，历代不少名人游而复返，留下大量墨宝、诗文和财帛。 寺门殿宇，名家书迹楹联林立，清武状元黄培松题：“润物洪深”； 状元林骚题：“此寺号灵应，后唐身化来。溪山两亭峙，周宋一尘埃。 梦逐寒钟去，僧携老衲来。君看竹倒抛，大造不能栽。”。现存比较完整的有如幻法师着的《寓居灵应寺同井公》一诗；明朝诗人黄克晦的《题灵应寺》律句；弘一大师的“念佛不忘救国，救国不忘念佛”，“不为自己求安乐，但愿众生得离苦”等几幅佳联、诗文。

灵应寺整个建筑规模宏大，从护界亭拾级而上，约等140级石阶，便到灵应寺。最早为土木石结构，现为砖石木结构， 建筑面积3000平方米，占地近50亩，由大殿、彩柱、两厢、凉棚、护界亭、塔等组成七落汉式寺庙群落。雄伟壮观，仿佛一座民间平时作“超度”用的纸厝，富有民俗风貌。两座牌坊式山门并峙寺前，飞檐、红砖，层次分明。山门之后为放生池，清澈如镜，游鱼历历。位于群屋中间的肉身殿，五开间，面积约200多平方米，朱梁画栋，颇为可观。殿中供奉灵应 祖师肉身像，右边供奉其父母神主灵位，左边供奉观音菩萨，以及韦驮、伽蓝诸菩萨；殿后供奉十八罗汉。殿前拜庭宽敞，拜庭两翼辅有平台，可纵观东山日出和环山景色。殿之两侧为一座座不同时间建造的厢房，约30多间。 灵应寺依玳瑁一峰独秀，坐北朝南，整体自然景观十分优美，境内千年奇竹（倒生竹）、茄吊滕、古杜杉、真身塔等名胜古迹在国内实为罕见。

【注】在李文愈圆寂处有一片绿竹，传说原来还有一株倒生竹。

林骚碑记《倒抛竹》立寺左旁。

清刑部尚书黄弥沤题：“天下大严林似此亦称古刹，个中佳山水游来始驻真人。”

乡人名客黄圭、黄位中题写门联：“灵承帝事昭神化，应感人心奏佛力；为悯众生多灵应，长存万古大真身。”横披：“果然灵应”。

寺后一棵千年杜笙引人注目。据说有此寺便有此树。树高30余米，树围4、6米，历经沧桑，现仍枝繁叶茂。山中盛产荔枝、香蕉、桃、李等水果和茶叶，灵应茶闻名遐尔。 明黄鼎象《灵应岩祖师竹》：

“灵性原来物物有，况复耽经解脱久。

生老病死苦根缠，枯竹生华根谁受。

夹岸青青色空浮，植自道人牧牛手。

道人牧牛归纯白，鞭笞不用尽回首。

生意长存万劫秋，优钵萝花对悠悠。

至今人指祖师竹，牧却自家心上牛。”

【注】祖师竹：李公祖师手植的“倒栽玉竹”，每竿偏枝倒挂，芽芽向下，年年都有新竹破土而出，青苍翠绿。耽经：专心致志，深入研究佛经。解脱：佛教名词，佛教徒认为，修道到了最后阶段，脱离烦恼业报束缚，自在无碍，叫“解脱”。华：同“花”。根：高等植物的营养器官，也为佛学名词，佛教以人身之眼、耳、鼻、舌、身、意为六根，根是“能生”的意思，因眼、耳等对于色、声等能生起感觉，故称为根。受：通“授”。生意：生机、生命力。劫：佛教名词，古印度传说世界经历若干万年毁灭一次，重新开始，这样一个周期叫一“劫”。钵：僧徒食器。

2013年1月28日，被福建省人民政府列入第八批省级文物保护单位名单。