灵芝孢子的化学成分可分为以下几类：蛋白质和氨基酸类、糖肽类、维生素类、胡萝卜素、甾醇类、三萜类、生物碱类、脂肪酸类、内酯和无机离子等。灵芝孢予蛋白质含量达18%，其中异亮氨酸、亮氨酸赖氨酸、缬氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸等机体必需氨基酸的含量非常丰富，均离达10 g/kg。维生素类主要是维生素E（VE），在每100 g孢子中，VE含量超过60mg，另外也含有少量的维生素C。灵芝孢子中富含多糖和寡糖，其中二糖、三糖、四糖的含量分别是1. 94、1.67和2.5 mg/g。固醇类有麦角甾-7，22-乙烯-3β醇(ergosta-7，22-diene-3-ol)和β-谷甾醇。从赤芝孢子粉的酸性提取物中还分离得到了一些三萜类化合物，它们是赤芝孢子酸A、B、C、E(ganosporeic acid A、B、C、E)和ganodenn anon-Trol。并且不断在灵芝孢子中发现新的三萜类物质，这些物质具有良好的生物活性。灵芝孢子中的脂肪酸类有二十四烷酸、硬脂酸、棕榈酸、二十二烷酸等。其内酯类属五环三萜内脂，有赤芝孢子内酯A和B。生物碱类有胆碱、甜菜碱和硫组氨酸甲基内胺盐。无机元素有钙、磷、铁、镁、钠、锌、锗硒等，其中有机锗与人类的健康和疾病的防治有密切关系。