灵鹫岩寺的墙、柱均为石筑，释迦牟尼等15尊佛像亦为石雕。明代万历年间柱础重修，新建山门石坊。德化知县杨文正“一方净土”题匾和永春知县厦忠“胜迹维

新”题匾高悬于坊上。大学士张瑞图、太仆卿丁启睿、状元学士庄际昌、进士户部主事郑沛、邑司训甘天训的题刻牌匾悬挂于主殿两侧。清初整修两殿，增置岩田。

该寺在明清时代一度成为本省尤其是闽南一带佛教活动的中心之一。据清乾隆版《九仙临峰谱》载：明弘治年间（1488—1504）由福州鼓山（禅宗派）密宗第四徒僧道盛（号一斋）来德化主持大白岩，授徒18人，万历年间往九仙山灵鹫岩，自成九仙派系。其僧徒发展至900多人，分成18个支系，陆续到尤溪、大田、永春、同安、漳州、泉州、沙县等地弘法，分住或住持全省89处寺庙。 九仙山灵鹫岩寺历经沧桑，文化革命期间被毁。1988年初，原灵鹫岩住持、现美国美洲佛教会永远顾问兼副会长释宽净法师倡议重建，得到美国蒙特利公园市般岩修德善堂华裔信众资助，历经两年，该寺大雄宝殿、观音殿、禅房、钟鼓楼、外山门等先后落成。