起义初期，由于义军英勇奋战，势力发展很快。仅一年左右，便向西发展到巴楚，向西南发展到莎车，向东推进到吐鲁番、辟展(今鄯善)一带。拉希丁和卓视宗教法庭执法和伯克执政的农奴制政权为理想的政权形式，视其“圣裔”血统的家族为民众的当然主人。委任其家族成员担任各地执政官，维护农奴制度，因此而失去人心。拉希丁和卓家族在宗教上排斥苏菲派。其堂弟买合木丁在乌什任执政官时对以米尔扎江为首的库布林耶教团采取歧视、打击的政策，激起暴动。此后暴动虽被镇压而平息，但严重地影响了乌什的稳定。莎车与巴楚互成犄角之势，是抵抗盘踞在喀什的阿古柏入侵者的战略要地，苏菲派各教团势力在此互相争雄。但因拉希丁和卓派往该地的军政首领、其堂叔和提甫和卓等人对各教团采取限制政策，致使莎车最终落入浩罕入侵者阿古柏之手。在阿古柏步步东侵之时，拉希丁和卓家族内部又因争权而发生内讧，导致在前线握有重兵的买合木丁倒戈，阿古柏不战而占领库车。拉希丁称“汗和卓”仅3年，便于1867年阿古柏占据库车时被杀害。