因此，当时的艾哈迈德讷格尔苏丹穆尔塔扎，决定由自己来亲自指挥这场伟大战役。为此，他不惜亲自部署了号称超过120000人的军队、370头从各地搜罗来的大象和38门攻城炮。负责领导具体作战的指挥官，分别是来自奥斯曼帝国的高级顾问鲁米汗和原籍埃塞俄比亚的大将法拉特卡。他们都有非常丰富的实战经验，知晓如何策动大规模部队实施攻坚作业。此外，还有约2000人的海盗舰队，会从南方的卡利卡特赶来汇合。他们将是从海面困死要塞守军的关键所在。

由于几大印度本土势力的蠢蠢欲动，葡萄牙人也在1570年末开始预防性备战。原本的要塞队长安德拉德，决定提前对居民区实施大规模疏散工作。因此，有不少土著居民提前逃到附近区域暂避。生活在堡垒周边的欧洲裔妇女儿童，也陆续登船撤往果阿避难。等到当年10月，马斯卡伦和麾下的600名援军匆匆抵达，焦尔已基本是一座空城。

考虑到原本的堡垒规模太小，马斯卡伦立即下令在城区附近构筑防线。在900名葡萄牙士兵和印度仆从的共同努力下，焦尔很快就被多层壕沟+胸墙的工事包裹起来。许多看起来是多余的房屋，也被施工队一并铲除。而原本的修道院，因是典型的欧式砖墙建筑，所以被加固为前线指挥部。依然留在当地的5艘“加利”型桨帆战船和11艘商用大帆船，也被分别部署到港口和城市东面的河道当中。在即将展开的大战中，它们既会是移动的火力发射点，同时也要充当土木工事的另类补充。至此，除北面的沼泽区域外，焦尔城周边的防务态势都大为改善。

到了当年的12月15日，穆尔塔扎的首批先头部队开始接近焦尔。在埃塞俄比亚大将法拉特卡的率领下，很快同负责外围警戒的守军展开交火。虽然是有备而来，但苏丹的士兵还是普遍缺乏单兵火器。除300名靠重金招募的外籍佣兵外，基本还在用各类传统弓箭作战。这主要就是因为该区域只有焦尔级别的小型口岸，难以毗邻果阿的盟友辖区相比。葡萄牙人则为筹备料想之中的苦战，几乎给每位火枪手都配发了胸板甲。因此，进攻者很快在小规模交锋中被击退。

然而，穆尔塔扎并不为前哨战的失利而感到担心。因为在之后的数天时间里，他的大军才会慢慢抵达预设战场。其中不乏那些世代受封于当地的突厥武士和前些年才登陆印度的土耳其火器部队。加上更多从波斯、阿富汗、埃塞俄比亚山区慕名而来的亡命之徒，足以在任何情况下赢得旷野交锋。虽然有很多人是骑兵，不适合执行攻城任务，却可以借机肆虐焦尔城附近的广袤田庄，断绝守军从陆上获得补给的所有可能。由印度教封建主派来的大象和船只则是非常优秀的后勤运输单位。至于同样以印度教徒居多的苦工群体，也为苏丹提供了近乎免费的无限劳动力。

1570年12月21日，穆尔塔扎下令对焦尔城实施首次大规模强攻。由鲁米汗指挥的炮兵部队，已经在城市东面构筑了射击阵地，足以将硕大的炮弹直接射入城中。同时，超过2000名骑兵策马北上，直扑孟买岛附近的另一座独立小要塞。但真正的主角，还是要从沼泽区进行突击的数万名步兵。

显然，这位突厥化国王低估了守军势力。因为葡萄牙人在先前2个月的土木作业中，已构筑起足够应付重炮轰击的各类临时工事。彼此之间都有战壕相通，丝毫不存在兵力分散问题，更不担心有大量抱团的士兵会因一次命中而全体归西。在将原本游弋于水面的桨帆船疏散后，就几乎不存在什么可以损失的有生力量。只需要安排炮手定期回应，就拖住了敌军的庞大火力支援队伍。如此一来，大部分枪手都可以云集到防线北端，以密集的排射狙杀印度步兵。后者自然因通道的空间狭窄而损失惨重。虽然一度靠堆砌数量而形成短暂突破，却还是在推进到修道院附近后，被击中反击的守军给重新碾了回去。

与此同时，那2000名突厥骑兵也抵达了孟买附近的卡兰贾要塞。但他们的攻城手法更加拙劣，几乎只能靠展示马术、步行射箭与集体咆哮等方法进行尝试。镇守当地的40名葡萄牙火枪手，只需安稳躲在墙内开火即可。最后还是因不得要领而被迫走人，靠着劫掠乡间的方式弥补自身损失。

此后，鲁米汗开始调整穆斯林炮兵的投射方向，将主要精力用于夹攻城市的防线北部。经过数日的不懈努力，终于在1571年的1月10日，将构筑在那里几座土木碉堡摧毁。法拉特卡也一直在指导苦力们成为临时工兵，用挖掘直线坑道的方式前进，尽量回避葡萄牙人的枪炮射击。后者因为兵力不足，无法派人冲上去发动肉搏占领。于是便开掘出更深的反地道，用埋放的火药将对方直接炸上天。但日益升级的交火频率，还是让队伍的损耗也逐步增加起来。在很难获得更多援助的情况下，这类残酷消耗往往对数量较少的一方非常不利。

进入当年2月，让围攻者期盼已久的海上支援终于抵达。那是由30艘中小型桨帆船组成的卡利卡特舰队，并且在几乎无人阻拦的情况下悄悄抵达。但根据同盟双方的协定，这支编队应暂时放下必要性有限的单纯封锁，转而深入内河去同穆尔塔扎的陆军汇合。因为只有这样，才能让围攻者发挥数量优势，直接将大批士兵从水路运抵焦尔城区。于是，卡利卡特人便选择在夜间活动，让多艘战舰从处于停泊状态的葡萄牙船队边溜走。等到守军察觉并开炮射击，也只是将几艘最小的敌舰驱逐到外海。

然而，印度同盟军的胜利会师，并没有能加强自身的攻坚能力。马斯卡伦很快抽调部分士兵上船，主动向侥幸得手的卡利卡特人发起挑战。由于加莱桨帆船的吨位、火力和运载能力更强，很快在空间有限的河道中获得优势。印度水手根本无法利用数量优势，迂回到侧后方实施包围，只能在正面硬扛的过程中遭重炮轰击。所以很快就蒙受了巨大损失，转身逃到岸边的土耳其炮兵阵地中寻求庇护。此后也一直留在原地，不敢再轻易驾船出动。

1571年2月底，沉不住气的穆尔塔扎再度下令展开全面进攻。更多印度苦力被强行逼上前线充当炮灰，而身后的土耳其人也继续有条不紊地用弹药摧残整片焦尔城区。在这种连续不断的车轮拉锯战中，葡萄牙人的伤亡数字也已上升到400，超过了守军队伍的50%比例。因此，围攻者断定这是最为有效的胜利之道，并在之后的2个月内加以复制。

然而，在同盟阵营里的许多聪明人看来，艾哈迈德讷格尔军队实际上已败相毕露。首先就是因为付出代价太过高昂，每天都需要为供养大军而消耗大量物资。但本地区内的可搜罗给养，已经在2个多月内被基本清空。依赖船只与畜力的远程运输，也只能缓解眼前危局，不是维持人员士气的长久之计。其次，焦尔的守军始终斗志高昂，没有任何慌乱迹象。再者，印度洋水域的禁航期，很快就要随季风的转向而结束。这让葡萄牙人可能从其他地方派来舰队实施援救。最后，就是完全类同的局面，也在南方的果阿战场上演。

于是，卡利卡特人抢先选择跑路。他们利用来时相同的办法，悄悄在夜间驾船躲过守军监视，一溜烟地冲出河口而去。其后，部分为穆尔塔扎服务的印度船主也纷纷登岸撤离。留下无需看守的船只搁浅在岸边，并被偶尔出城偷袭的葡萄牙人悉数烧毁。这些接连不断的逃跑事件，也引得全军上下都人心浮动。即便还有许多无能为力的苦工被迫留下，也只是在静候战事的彻底结束。

4月11日，已是强弩之末的围攻者，对焦尔全城进行了最后一次大规模炮击。这次，土耳其又成功炸毁了几座土木碉堡，并击沉了停泊在港口的指挥官座舰。然而，这些成果还是不能帮己方士兵突破防线。那些自愿留下来守城的本地仆从，也从未有放弃葡萄牙宗主的背叛想法。这让整场战役彻底陷入了无尽死循环，继续拖拖拉拉到雨季来临。大量倾泻的自然之水，让穆尔塔扎的营地愈发狼狈。不断从果阿等葡萄牙据点开来的船只，则预示着守军根本没可能因后勤问题而选择屈服，反而在慢慢恢复兵力。

最终在6月29日，印度人照常对守城防线的据点实施突击。这次，他们不仅没能靠数量逼退葡萄牙守军，反而让彻底暴怒的对方一路追杀回自家营地。之后的6小时内，整支艾哈迈德讷格尔军队都出现了连锁反应。他们先后丢掉了数个步骑兵的营地，用于攻城的火炮也被夺走不少。残部只能跟随君主拔营，到更远一些的位置上暂作停留。穆尔塔扎又咬牙坚持到7月24日，终于同意撤军，并向焦尔城内传递了停战邀请。至此，这场耗时达8个月之久的围攻战，才以守城者的彻底胜利告终。

从某种意义而言，这次围攻失败就等同于宣告印度同盟战争的结局。因为焦尔并非果阿级别的区域首府，也不是第乌、科钦或坎纳诺尔一类的重要堡垒。亲临前线的穆尔塔扎，却是整个联盟的始作俑者。虽然冲突还会在不同区域持续数年，但主心骨的提前被重创，也基本为整体趋势定下了基调。